Задание d3: Нахождение гидрофобных кластеров

Запустив сервис Сlud, нашла гидрофобные кластеры в структуре белка 1WPV. Хорошие результаты получаются при значении порога расстояния 4.5, порог размера кластера - 10.

Рис.1 Гидрофобные кластеры из белка 1WPV, найденные с помощью Сlud (гидрофобные кластеры изображены в виде сфер).

На рисунке 1 изображены гидрофобные кластеры из белка 1WPV, найденные с помощью Сlud. У белка 1WPV 3 идентичные цепи, каждая из них является доменом HutP, определяющимся с помощью Pfam. Соответственно можно понять, почему гиброфобные кластеры идентичны друг другу.

Но кроме 3 кластеров, при тех же условиях, был обнаружен 4й гидрофобный кластер (рис.2).

Рис.2 4й гидрофобный кластер из белка 1WPV, найденный с помощью Сlud (гидрофобный кластер изображен в виде сфер).

Для активации белка 1WPV трех цепей недостаточно, нужно формирование гомогексомера, в соответствии с литературными данными, гомогексамер формируется, в основном, за счет гидрофобных взаимодействий, которые не пропускают воду внутрь гексомера. Гидрофобный кластер, изображенный на рисунке 2 участвует в стабилизации структуры тримера, а также в стабилизации структуры гексомера.