В этом практикуме ведётся работа с файлами формата *.pdb. Мой белок имеет идентификатор 6IFP. Это белок Pseudoazurin Met16Ile Грам-отрицательной бактерии Achromobacter cycloclastes.
В приведённом окне изображена молекула белка. Нажмите на кнопку "Start script", чтобы запустить сценарий, и "Resume", чтобы продолжить.
Исполняемый апплетом скрипт также можно скачать.
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # | Имена атомов | Длина связи N—O, Å | Угол N—H—O, ° |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(121ALA)-O(117ALA) | 2,84 | 160,2 |
| 2 | N(115LEU)-O(111ALA) | 2,8 | 163,3 |
| 3 | N(118ALA)-O(114ARG ) | 2,91 | 156,6 |
| Бета-складки | |||
| 1 | N(31VAL)-O(66VAL) | 2,88 | 160,4 |
| 2 | N(66-VAL)-O(31VAL) | 2,83 | 177,5 |
| 3 | N(64TYR)-O(33PHE) | 3,09 | 165,2 |
Согласно литературе, идеальное значение длины водородной связи в альфа-спирали составляет 3,03Å, а значение угла - 153°.
А значение водородной связи между двумя бета-скалдками составляет 2,94Å, а угол, также как и в альфа-спиралях - 153°.
Отметим, что наши данные отличаются от идеальных значений, пусть и не сильно.
[1] Cooperative effects in hydrogen-bonding of protein secondary structure elements: a systematic analysis of crystal data using Secbase, Koch O., Bocola M., Klebe G., DOI: 10.1002/prot.20613