Филогенетические деревья


В этом практикуме мы должны были составить филогенетическое "поддерево" из большого дерева, выбрав от туда любые 7-8 видов.

Отобранные бактерии

Мнемоника Название NCBI Taxonomy
YERPE Yersinia pestis Proteobacteria > Gammaproteobacteria > Enterobacterales > Yersiniaceae > Yersinia > Yersinia pseudotuberculosis complex > Yersinia pestis
HAEIN Haemophilus influenzae Proteobacteria > Gammaproteobacteria > Pasteurellales > Pasteurellaceae > Haemophilus > Haemophilus influenzae
PASMU Pasteurella multocida Proteobacteria > Gammaproteobacteria > Pasteurellales > Pasteurellaceae > Pasteurella > Pasteurella multocida
THIDA Thiobacillus denitrificans Proteobacteria > Betaproteobacteria > Nitrosomonadales > Thiobacillaceae > Thiobacillus > Thiobacillus denitrificans
BURCA Burkholderia cenocepacia Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia cepacia complex > Burkholderia cenocepacia
AGRFC Agrobacterium fabrum Proteobacteria > Alphaproteobacteria > Rhizobiales > Rhizobiaceae > Rhizobium/Agrobacterium group > Agrobacterium > Agrobacterium tumefaciens complex > Agrobacterium fabrum
RHIME Rhizobium meliloti Proteobacteria > Alphaproteobacteria > Rhizobiales > Rhizobiaceae > Sinorhizobium/Ensifer group > Sinorhizobium > Rhizobium meliloti

Скобочная формула дерева

Стандартный формат представления деревьев в скобочном виде newick позволяет отразить, какие виды находятся в какой кладе по отношению друг к другу. В нашем случае дерево выбранных видов можно записать следующим образом:
(((YERPE, (HAEIN, PASMU)), (THIDA, BURCA)), (AGRFC, RHIME));
Дерево мы сохранили в формате .tre и визуализировали с помощью Mega.

Изображение дерева

Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных видов бактерий

Ветви дерева

Укажем нетривиальные ветви дерева (ветви, которые разбивают множество листьев на на подмножества, в каждом из которых более одного элемента):
{HAEIN, PASMU} ∨ {YERPE, THIDA, BURCA, AGRFC, RHIME} - соответствует кладе Pasteurellaceae
{HAEIN, PASMU, YERPE} ∨ {THIDA, BURCA, AGRFC, RHIME} - соответсвует кладе Gammaproteobacteria
{HAEIN, PASMU, YERPE, THIDA, BURCA} ∨ {AGRFC, RHIME} - соответсвует кладе Rhizobiaceae
{THIDA, BURCA} ∨ {AGRFC, RHIME, HAEIN, PASMU, YERPE} - соответсвует кладе Betaproteobacteria
Таким образом, филогенетическое дерево позволяет видеть степень родства организмов и выделять систематические группы.