Базы данных. KEGG


В этом практикуме нам нужно было поработать с базой данных метаболических путей KEGG Pathway. Для рассмотрения нам был выдан метаболический путь с идентификатором 00633. Это путь деградации нитротолуола.
1. Изображение референсного (для всех организмов) биохимического пути представлено на рисунке 1.

Рис. 1. Референсный путь деградации нитротолуола
2. Покрасим одну из реакций - я выбрал реакцию с ID K00622.
Рис. 2. Метаболический путь с покраской одной из реакций
3. Это реакция, в которой происходит превращение 2,4-диамино-6-нитротолуола и ацетил-КоА в 4-ацетамид-2-амино-нитротолуол и уходящим коферментом A.
Рис. 3. Схема реакции
4. Данную реакцию катализирует фермент ариламин N-ацилтрансфераза. 5. В международной классификации данный фермент имеет номер EC 2.3.1.5. Число 2 означает, что он относится к трансферазам, число 3 - к переносящим ацильные остатки трансферазам (ацилтрансферазам), номер 1 - что переносит какие угодно группы, кроме амино-ацильных, а число 5 - что он переносит ацильную группу к арильной. 6. Рассмотрим, как выглядят наш метаболический путь в других организмах на примере двух видов. Сразу бросается в глаза, что он представлен только среди прокариот.
Рис. 4. Метаболический путь цианобактерии Nostoc flagelliforme
Рис. 5. Метаболический путь чумной палочки Yersinia pestis Angola
7. Для чумной палочки в базе KEGG Genome видим, что число представленных для неё метаболических путей составляет 120, и число представленных генов - 4469.