Бутстреп-анализ
GO TO:

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа
Для оценки достоверности реконструкции, проведённой в предыдущем упражнении, был проведён бутстреп-анализ.
Для этого на основе "выравнивания" исходной последовательности и мутантов программой fseqboot было создано 100 бутстреп-реплик:

fseqboot leafs.fasta -auto

Затем полученный файл был подан на вход программе fdnaml, которая поочерёдно реконструировала методом максимального правдоподобия дерево с каждой реплики.

fdnaml leafs.fasta -ttratio 1 - auto

На последнем этапе был проведён бутстреп анализ и созданно консенсусное дерево программой fconsense:

fconsense leafs.treefile

Выходной файл

Ниже приведено сравнение исходного и консенсусного дерева:

Исходное дерево Конcенсусное дерево 
  +----------------------------B         
  |  
  |                +------------------------F         
  |       +--------+  
  |       |        +------------------------E         
  +-------+  
  |       |    +-----------------D         
  |       +----+  
  |            +---------------C         
  |  
  +---------------A

  
+---------------------------C
|
|      +--------------------D
|      |
+------|             +------F
       |      +100.0-|
       |      |      +------E
       +-89.0-|
              |      +------A
              +-98.0-|
                     +------B
A B C D E F
. . * * * *
* * . . * *
* * * * . .
A B C D E F
. . * * * *
* * . . * *
* * * * . .


Очевидно, что это два одинаковых неукоренённых дерева. По результатам бутстреп-анализа в консенсусное дерево вошли ветвь EF, которые были во всех ста деревьях, ветвь AB, встретившаяся в 98 случаях из ста и ветвь CD, присутствовавшая в 89 случаях. Невключёнными остались ветви DFE (11 деревьев), и FEB (2 дерева) - очевидно, что это как раз те деревья, в которых не встретилось ветви CD и AB соответвенно.
Графическая визуализация консенсусного дерева
Далее с помощью программы fdrawtree было созданно графическое изображение консенсусного дерева:

Как видно оно обладает всеми необходимыми ветвями.

Таким образом бутстреп-анализ подтвердил достоверность реконструкции.
Jacknife - альтернативная оценка достоверности реконструкции
Была проведена альтернативная оценка достоверности реконструции методом jacknife. В отличие от "boot-strep", этот не перемешивает столбцы выравниваний а произвольгно вырезает несколько столбцов из него. Полученное методом консенсусное дерево имеет следующий вид: 

                       +------F
                +100.0-|
                |      +------E
         +100.0-|
         |      |      +------A
  +------|      +100.0-|
  |      |             +------B
  |      |
  |      +--------------------D
  |
  +---------------------------C
Соответствующий выходной файл

Таблица разбиений для этого дерева выглядит точно так же, как для оригинального дерева:

A B C D E F
. . * * * *
* * . . * *
* * * * . .


Правда jacknife-значения для ветвей отличны от бутстреп-значений, что видно из дерева. Невошедших ветвей обнаруженно не было.
Это объясняется видимо разницой в алгоритмах. Jacknife работает с кусками оригинальных выравниваний, что видимо уменьшает вероятность появления случайных "ветвей-выбросов".
© designed by Alex Makarov