Alex Makarov. Personal Page. Homologs search.

Последовательности нуклеиновых кислот
Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

GO TO:

Отчёты по биоинформатике:

Семестр 1

Семестр2

Семестр3

Семестр4

Определение наиболее вероятной тРНК, использованной рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка HEMN_ECOLI

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка HEMN_ECOLI		Q
Соответствующий кодон в гене hemN		5'-caG-3'
Идеальный антикодон		5'-Cug-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка X (если опираться на генетический код)?		2
Сколько тРНК для остатка Gln(Q) аннотировано в геноме кишечной палочки?		4
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
	название гена	glnX
	координаты гена в записи EMBL	complement(695653..695727)- соответвует первой находке "grep"
	антикодон	cug

Команда для поиска всех глутаминовых тРНК:
grep -n "anticodon.*Gln" ecoli.embl
Результат:

15970:FT                   /anticodon=(pos:695693..695695,aa:Gln)
15982:FT                   /anticodon=(pos:695805..695807,aa:Gln)
16007:FT                   /anticodon=(pos:696019..696021,aa:Gln)
16020:FT                   /anticodon=(pos:696128..696130,aa:Gln)

Поиск гомологичных glnX - тРНК в геноме архебактерии Pyrococcus furiosus

Программа		FastA	BLASTN	MegaBLAST	Discontigous MegaBLAST
Число находок с Е-value < 0,001		1	0	0	0
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	0.00088	5.8	-	-
	Номер сектора генома	116	159	-	-
	AC соответствующей записи EMBL	AE010241	AE010284	-	-
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	2289-2343	4109-4124	-	-
Аннотация лучшей находки по EMBL		tRNA Asn anticodon GTT - трнк другой аминокислоты, с другим антикодоном(!)	tRNA Val anticodon TAC - трнк к другой аминокислоты, с другим антикодоном(!)	-	-

Как видно ни одна из программ не нашла нужной тРНК. Тем не менее наилучшим образом сработала программа FastA: количество находок больше чем в остальных программах (что может быть связанно с наименьшей (по сравнению с другими программами) длинной якоря - 6.), и среди них есть находки с довольно низким Ожиданием.
Знакомый по предыдущему занятию BLASTN выдал несколько находок, ожидание каждой из которых было чудовищно велико, и ни одна из этих находок не соответствовала нужной тРНК. Что было ожидаемо ибо длинна якоря слишком велика - 11н - что не даёт возможности программе искать удалённые гомологи.
Остальные программы не справились с задачей совсем - не было ни одной находки - так же, возможно, из-за слишком большой длинны якоря. Более подробно разобрать как и почему так происходит возможности нет из-за отсутсвия хоть каких-либо результатов.
Скорее всего последние три программы создавались с изначально другой целью - поиска близких выравниваний, что делает их малоприменимыми в данной задаче.