Работа с программами
- Информация о Bash
- Подробное описание команды infoseq биоинформатического пакета EMBOSS
- Описание команды entret биоинформатического пакета EMBOSS
Белок PDXS (2NV1) бактерии Bacillus subtilis
Продолжение работ 1 семестра...
II. Белок PDXS различных видов рода Bacillus
- Структура получаемой информации о белках базы данных Uniprot
- Сравнение описания белка PDXS_BACSU с описаниями его ортологов
- Оперон PDXS_BACSU и его ортологов, структура оперона
III. Белок PDXS_BACSU и поисковая система SRS
Белок Caspase 8
IV. Каспаза 8. Научный поиск в PubMed
- Поисковые запросы в PubMed, коллекция статей, посвященных каспазе 8
- Каспаза-8-зависимый апоптоз: основные события, сигнальный путь, паталогии при нарушениях
- Описание экспериментальной статьи, посвященной роли каспазы 8 в организме
Выравнивания
V. Парные выравнивания. Применение алгоритмов парных выравниваний к белку PDXS_BACSU
- Реконструкция матрицы BLOSUM62
- Сравнение матриц аминокислотных замен (BLOSUM, PHAT)
- Сравнение выравниваний, полученных для коротких мутантов вручную и построенных классическими алгоритмами Нидлмана-Вунша и Смита-Ватерманан
VI. BLAST
- Поиск гомологов PDXS_BACSU с помощью алгоритма BLAST
- Поиск гипотетических гомологов PDXS_BACSU с фильтром по таксонам
- BLAST двух последовательностей
VI. Множественное выравнивание белков
- Создание репрезентативной выборки гомологов белка PDXS_BACSU
- Множественное выравнивание гомологов белка PDXS_BACSU
- Результаты анализа множественного выравнивания гомологов белка PDXS_BACSU
- Послание инопланетян
- Поиск вероятных гомологов белка PDXS_BACSU в банке SwissProt с помощью паттернов
- Поиск мотивов ProSite в последовательности белка PDXS_BACSU
VII. Семейства белков
- Доменная структура белка PDXS_BACSU. Система Pfam
- Сравнение описаний мотивов в разных банках семейст по даным InterPro
VIII. Поиск мотивов, программы MEME и MAST
- Поиск мотивов среди гомологов PDXS_BACSU. Программа MEME
- Сравнение консольной версии MEME и сервиса MEME-Suite
- Сравнение блоков, найденных МЕМЕ, с полным выравниваним, выданным muscle
- Поиск найденных мотивов в других последовательностях
- Анализ карты локального сходства белка TALe с самим собой
IX. PSI-BLAST
- Описание работы PSI-BLAST
- Сравнение выравнивания семейства домена из Pfam с полученным PSI-BLAST