ФББ 2013-2014
ФББ 2013-2014
Описание белка из протеома бактерии Chlorobium tepidum TLS
Исследуемый белок – белок тиол-дисульфидного обмена из семейства DsbE (thiol:disulfide interchange protein DsbE). Краткая информация о нём содержится в таблице 1.
Таблица 1. Информация о белке дисульфидного обмена (семейство DsbE) из организма Chlorobium tepidum TLS (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_661963.1)
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | CT1072 |
| Имя гена | /gene | нет |
| Идентификатор гена в базе Gene | /db_xref="GeneID | 1006942 |
| Начало гена в геноме | 1012730 | |
| Конец гена в геноме | 1013242 | |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | прямая | |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | 513 | |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | NP_661963.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | 170 |
Данный белок относится к суперсемейству тиоредоксин-подобных белков (thioredoxin (TRX)-like superfamily), семейству Tlp-A-подобных белков, подсемейству DsbE. Он играет важную роль в созревании цитохрома c, катализируя поздние стадии сборки. Участвует в формировании дисульфидных связей.
Посмотрим на расположение гена этого белка в геноме. Оно показано на рисунке 1.
Рис. 1. Окружение гена белка дисульфидного обмена (семейство DsbE) с идентификатором NP_661963.1. Рисунок получен с помощью геномного браузера [1]
На рисунке 2 показана структура фермента, полученная с помощью программы RasMol. Как видно, фермент состоит из четырёх белковых цепей. Логично было бы предположить, что гены, кодирующие эти цепи, находятся в опероне, однако это не так. Гены других составных частей этого фермента находятся в других частях генома (это видно из таблицы 2).
Таблица 2. Гены других белков, участвующих в дисульфидном обмене у Chlorobium tepidum TLS. Рисунок получен с помощью геномного браузера [1]
| Метка | Начало | Конец | Ориентация |
| CT1023 | 963853 | 964410 | Прямая цепь |
| CT1072 | 1012730 | 1013242 | Прямая цепь |
| CT2233 | 2097012 | 2097548 | Обратная цепь |
| dsbD | 1015661 | 1017484 | Прямая цепь |
Можно предположить, что выданный мне белок также находится в опероне, т.к. в его окружении есть два белка с неизвестной функцией (CT1071 и CT1073). Вполне может оказаться, что их функция связана с дисульфидным обменом. Ген CT1074 кодирует белок из класса ApbE, участвующий в сборке железо-серного кластера – Fe-S кластеры и цитохром c функционально связаны друг с другом: Fe-S кластеры входят в состав ферредоксина, который принимает электроны от цитохрома c. Наконец, ген dsbD также кодирует одну из цепей фермента.
Чтобы сделать вывод о том, находятся ли гены в опероне, рассчитаем расстояние между ними:
Расстояние между генами CT1073, CT1074 и dsbD маленькое, следовательно, скорее всего эти гены находятся в опероне.
Рис. 2. Структура фермента, в состав которого входит протеин с идентификатором NP_661963.1. Рисунок получен при помощи программы RasMol.
Источники: