Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

Выбор тРНК

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка GYRB_ECOLI		Ser
Соответствующий кодон в гене gyrB		5'-tct-3'
Идеальный антикодон		5'-aga-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка S (если опираться на генетический код)?		6
Сколько тРНК для остатка S аннотировано в геноме кишечной палочки?		5
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
	название гена	serU
	координаты гена в записи EMBL	complement(2041492..2041581)
	антикодон	5'-CGA-3'

Для получения данных я пользовалась командой

grep "anticodon.* ser" ecoli.embl > rnk2.txt  

Результаты поиска

 
FT                   /note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;
FT                   /note="codons recognized: UCD; anticodon: UGA serine tRNA1;
FT                   /note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;
FT                   /note="codon recognized: UCG; anticodon: CGA serine tRNA2;
FT                   /note="codons recognized: AGY; anticodon: GCU serine tRNA3;

Для извлечения последовательности тРНК

seqret ecoli.embl p.fasta -sbegin 2041492 -send 2041581 -sreverse n

( тРНК хранится в файле p.fasta )

Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии Sulfolobus solfataricus

Команды, использованные в работе:

formatdb -i ss_genome.fasta -n ss -p F
blastall -p blastn -d ss -i p.fasta -o blastn.fasta
megablast -d ss –i p.fasta -o megablast1_res.txt -e 10 -D 2 -W4 
megablast -d ss -i p.fasta -o dmegablast.txt -D 2 -W 11 -t 21 -N 1
fasta35 p.fasta ss_genome.fasta 6

Выводы:
Программа FastA нашла довольно близкого гомолога серина,тогда как остальные никаких гомологов не нашли.Значит данная программа лучше ищет близких гомологов, чем остальные, но, как мне кажется, не предназначена для этих целей, поскольку Е-value находки довольно низок

третий семестр