Программы пакета BLAST

Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

1. Создание индексных файлов для программ пакета BLAST

Поиск гомологов GURB_ECOLI	Геном Pasteurella multocida
Число находок с Е-value<0,001	2
характеристика лучшей находки:
E-value находки	0.0
AC соответствующей записи EMBL	AE006184
координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	3463-1067
Координаты CDS в записи EMBL (если они есть)	complement(1064..3463)
AC UniProt в записи EMBL (если есть)	Q9CKX5
E-value при трех геномах(если они есть)	0.0
Число находок с Е-value<0,001 при 3-х геномах	6

Индексные файлы для генома бактерии Pasteurella multocida лежат в файлах pm.nhr pm.nin pm.nsq. С помощью программы TBLASTN было проведено исследование, закодирован ли мой белок (GYRB_ECOLI) или похожие на него белки в геноме Pasteurella multocida. Программой были найдены 2 похожих белка. Лучшей e-value –0.0 (у находки AE006184). При аналогичном поиске в нескольких генах число находок возросло до 6, но предыдущая находка свой e-vaule не изменила

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

E-value лучшей находки – 1e-25

AC- AE006184

Характеристики выравнивания

Score = 117 bits (59), Expect = 1e-25

Identities = 443/571 (77%)

Само выравнивание хранится здесь

Вывод
хоть программа BLASTN и нашла довольно схожую последовательность в Pasteurella multocida, но E-value этой находки гораздо выше, чем у последовательностей, которая находила программа TBLASTN. Поэтому можно предположить, что программа TBLASTN создана для поиска далеких гомологов, тогда как BLASTN ищет в основном близких гомологов.

третий семестр