A- и B-формы ДНК
1
При помощи команды "fiber" были получены А- и В- формы ДНК( А-форма хранится в файле gatc_a.pdb, В-форма - в gatc_b.pdb)
для получения сотруктрур были использованны команды:
fiber -a gatc_a.pdb
fiber -a gatc_b.pdb
2
А-форма
B-форма
DNA20
На основе полученных файлов , а также файла dna20.pdb была сделана таблица
|
|
A-форма
|
В-форма
|
Файл dna20.pdb
|
| Тип спирали (правая или левая) |
левая |
правая |
правая |
| Шаг спирали (A) |
28.02 |
33.74 |
30.29 |
| Число оснований на виток |
12 |
10 |
10 |
| Ширина большой бороздки |
7.98 |
17.2 |
7.2 |
| Ширина малой бороздки |
15.6 |
11.69 |
14.92 |
Исходя из данных этой таблицы можно предположить, что dna20 является А-формой ДНК, потому как значения длин её бороздок ближе к значению соответствующих длин у А-формы.
Анализ данных с помощью команд find_pair и analyze
Значение торсионных углов
Для А-формы
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
2 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 T -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
7 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.0 -157.2
9 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 T -51.7 174.8 41.7 79.1 --- --- -157.2
|
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -51.7 174.8 41.7 79.0 --- --- -157.2
2 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
7 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
9 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 A --- 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
|
Для В-формы
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
2 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
4 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
5 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 A -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
9 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
10 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 T -29.9 136.3 31.2 143.3 --- --- -98.0
|
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0
2 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
3 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
4 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9
5 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
6 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
7 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
8 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
9 A -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
10 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
11 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0
12 A --- 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
|
Для dna20
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C --- --- 81.6 82.8 -139.6 -72.8 -166.6
2 U -75.0 178.5 53.8 80.4 -147.9 -71.8 -160.2
3 U -72.3 176.1 49.9 82.1 -144.6 -88.4 -154.8
4 G -33.4 158.1 39.8 78.9 -165.0 -65.9 -157.0
5 C -63.4 -174.7 46.2 81.3 -153.9 -64.7 -161.7
6 U -68.9 -179.1 50.0 81.3 -148.3 -71.7 -158.8
7 G -43.0 163.2 37.9 76.5 --- --- -152.2
8 G --- -154.0 65.4 76.3 -156.1 -66.0 -173.8
9 G -73.7 -160.7 51.6 84.0 -140.0 -83.2 -174.9
10 U -59.3 172.7 46.1 79.3 -151.3 -68.3 -161.5
11 G -64.3 174.9 56.8 80.4 -160.9 -70.5 -164.3
12 C -67.4 174.6 56.2 78.7 -162.5 -65.8 -157.4
13 A -68.6 -174.7 51.8 83.9 -147.3 -79.0 -156.2
14 C -59.4 154.0 63.5 77.4 -137.3 -92.8 179.4
15 A -41.2 156.4 49.6 86.5 -159.4 -66.5 -161.3
16 C -63.3 171.6 49.0 82.7 -149.7 -76.3 -166.1
17 A -71.2 174.7 52.0 81.3 -153.0 -71.6 -160.3
18 G -70.9 168.4 57.9 82.1 -152.2 -68.4 -160.8
19 C -76.8 168.1 76.1 81.9 -144.7 -79.6 -166.0
20 A -67.5 176.0 45.9 76.4 -145.3 -81.1 -154.6
21 A -57.6 163.5 54.6 80.9 -143.0 -71.1 -156.2
22 G -59.9 167.4 49.9 73.6 --- --- -152.8
|
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G -43.6 167.3 50.4 78.2 --- --- -157.3
2 A -60.1 171.4 42.7 83.7 -160.0 -78.5 -151.4
3 A -60.9 -172.3 45.6 90.9 -153.3 -75.6 -158.4
4 C -81.3 163.1 73.0 82.7 -151.2 -72.7 -170.2
5 G -60.1 165.6 50.2 78.0 -138.6 -75.5 -162.1
6 A -67.7 -179.5 53.4 82.1 -149.5 -79.8 -159.0
7 C -60.2 166.9 52.3 85.6 -155.1 -76.7 -156.2
8 A -42.7 160.1 47.3 80.9 -141.0 -75.5 -168.8
9 C -65.0 168.4 54.2 77.4 -146.9 -87.7 -164.4
10 A -55.5 165.6 50.1 79.5 -147.9 -75.2 -156.6
11 C -78.8 176.1 63.8 79.8 -152.7 -78.5 -158.5
12 G -56.6 167.8 54.7 81.6 -163.3 -62.5 -161.0
13 U -74.7 -173.8 47.3 79.0 -156.3 -75.2 -167.5
14 G -71.3 -154.6 50.0 86.1 -150.7 -67.0 -171.7
15 G --- -137.5 34.7 78.4 -155.6 -62.2 -171.5
16 G -70.7 178.7 52.6 78.7 --- --- -154.8
17 U -62.4 -176.9 44.4 83.0 -156.9 -63.2 -155.2
18 C -72.0 176.7 56.6 82.8 -145.6 -78.2 -166.3
19 G -92.4 158.9 87.6 79.3 -157.2 -77.0 -173.2
20 U -63.7 171.8 48.1 82.2 -159.1 -59.3 -149.4
21 U -97.5 -162.0 63.6 83.9 -152.4 -68.3 -153.2
22 C --- --- 71.8 83.4 -168.1 -58.0 -166.1
|
проанализировав полученные результаты, можно предположить, что данный мне кусок ДНК(dna20) является А-формой, поскольку значение его уголов наиболее похоже на знчение углов как раз А-формы ДНК.
Получения изображения при помощи команды pdb2img
А-форма ДНК с торца:
А-форма ДНК сбоку:
B-форма ДНК с торца:
B-форма ДНК сбоку:
dna20 сбоку:
На основании данных изображений нельзя точно сделать вывод, какой формы (А или В) является dna20, поскольку не получилось сделать изображение данной молекулы с торца (видимо, что-то не так с координатами).
вернуться на старницу третьего семестра
главная страница
©Подковкина Анна