Структура РНК

Структура РНК

1.

PDB-код- 1n77

организм, из которого взята эта РНК - THERMUS THERMOPHILUS (BACTERIA)

идентификаторы цепей - C, D

другие макромолекулы- белок GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

Последовательность тРНА

1 C   75    G   G   C   C   C   C   A   U   C   G   U   C   U

2 C   75    A   G   C   G   G   U   U   A   G   G   A   C   G

3 C   75    C   G   G   C   C   C   U   C   U   C   A   A   G

4 C   75    G   C   C   G   A   A   A   C   G   G   G   G   G

5 C   75    U   U   C   G   A   U   U   C   C   C   C   C   U

6 C   75    G   G   G   G   U   C   A   C   C   A            

1 D   75    G   G   C   C   C   C   A   U   C   G   U   C   U

2 D   75    A   G   C   G   G   U   U   A   G   G   A   C   G

3 D   75    C   G   G   C   C   C   U   C   U   C   A   A   G

4 D   75    G   C   C   G   A   A   A   C   G   G   G   G   G

5 D   75    U   U   C   G   A   U   U   C   C   C   C   C   U

6 D   75    G   G   G   G   U   C   A   C   C   A            
 

Insertion code A

Анализ структуры программой find_pair

при помощи команды find_pair -t 1N77.pdb 1N77_2.fs я получила , что у меня 6 спиралей, 2 одиночных контакта, 2 двойных спирали

1-ая цепь РНК

GGCCCCAUCGUCUAGCGGUUAGGAGCGGCCCUCUCAAGGCCGAAACGGGGGUUCGAUUCCCCCUGGGGUCACCA

2-ая цепь РНК

GGCCCCAUCGUCUAGCGGUUAGGAGCGGCCCUCUCAAGGCCGAAACGGGGGUUCGAUUCCCCCUGGGGUCACCA

Изображение цепей РНК


Команды, использованные при этом


Restrict RNA
Backbone
Select 501-507 or 549-555 or 561-572 or 558 or 518
Color green
Select 538-554 or 510-515 or 522-532 or 508 or 548
Color red
Select 519 or 556
Color blue
Select 501 and phosphorus
Label %r
Select 576 and phosphorus
Label %r
Color label black  

Анализ структуры

Найденные мной внеспиральные стекинг-взаимодействия


Пример водородных связей,не сводящихся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований


Спираль РНК

Спираль РНК больше похожа на А форму, потому как внутри спирали имеется отверстие


Работа с программой einverted

: Score 41: 18/19 ( 94%) matches, 10 gaps

       3 ccccatcgtctagcgg--ttag-gacgcg 28      

         ||||  ||| |  |||  || | || | |

      52 gggg--gca-a-agccggaa-ctct-c-c 31     
 

Работа с mfold

изображение получено при помощи команды Mfold SEQ=1.fasta P=15
Номер картинки- 1.


Мои проекты

вернуться на главную страницу

третий семестр

©Подковкина Анна