Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты
| Полярные | Неполярные | Всего | |
| Контакты белка с ... | |||
| ... остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 25 | 28 |
| ... остатками фосфорной кислоты | 15 | 15 | 30 |
| ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 6 | 4 | 10 |
| ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 2 | 3 |
Изучение остатков белка, отвечающих за специфичность узнавания белком ДНК
Я нашла один из примеров специфичных взаимодействий- это взаимодействие лизина(176) и тимина(6).
Белок -NDT80_YEAST
AC P38830
Имя гена NDT80
Описание - Meiosis-specific transcription factor NDT80
Семейство PhoG
Описание семейства:
Транскрипционный фактор, необходимый для успешного завершения мейоза и образования спор.
Активируется после завершения мейотических рекомбинаций в конце профазы I. Узнает и связывает срединный элемент, образуещий споры (MSE) 5'-C[AG]CAAA[AT]-3' в регионе промоутера специфичных к стадиям генов, которые неоходимы для продолжения мейоза и спорообразования. Конкурентен в связывании MSE с транскрипционным репрессером SUM1, который ингибирует срединные специфичные к спорообразованию гены в течении мейоза и ранних стадиях спорообразования.
Выравнивание в Pfam
Вывод:
Таким образом, nucplot подтвердил специфичность взаимодействия лизина (176 ) и тимина (6).
вернуться на старницу третьего семестра
Описание функций исследованного белка
На данном выравнивании мы можем увидеть аминокислоту, с которой предположительно образован специфичный контакт (аминокислота выделена в рамку).
Так же можно заметить, что данная аминокислота не консервативна.
Построение схемы контактов белка с ДНК
©Подковкина Анна