Водородные связи в структуре белка Inorganic Pyrophosphatase (идентификатор PDB 1YGZ) из генома бактерии Helicobacter Pylori штамм J99 в программе Jmol
Рисунок 1. Механизм образования водородных связей в молекулах воды и структура этой связи. Рисунок взят с сайта Сайт лекции по органической химии университета Джамби, Индонезия.
Выданный мне белок с идентификатором 1YGZ тоже не исключение. Тут множество водородных связей. Далее я буду приводить рисунки из Jmol и подписи к ним. На рисунках подробно все показано. Начнём с α-спирали.
Рисунок 2. Внешний вид водородных связей, удерживающих α-спираль.
Рисунок 3. Образование водородной связи в α-спирали между валином и серином
Как видно из рисунка 3, акцептором протона (при этом будучи донором плотности) является атом кислорода из гидрокси-группы радикала серина - 159, а донором протона (акцептором плотности) атом азота аминогруппы валина-163.Теперь рассмотрим структуру посложнее - β-складчатый лист. На рисунке 4 изображено параллельный β-лист из друх тяжей.
Рисунок 4. Внешний вид водородных связей, удерживающих β-складчатый лист.
Рисунок 5. Образование водородной связи в параллельном β-листе из двух тяжей.Длина связи 0,28 нм.
В данном случае, селенометионин - 39 образует две водородные связи с карбоксильными группами радикалов аспарагиновой и глутаминовой кислот. Теперь рассмотрим структуру β-лист из 3 тяжей, двое из которых паралелльный, а третий антипараллельный.
Рисунок 6. Образование водородных связей в параллельном β-листе из двух тяжей. Длина связей в среднем 0,29нм.
Как видно, глицин - 55 и аланин - 70 из разный тяжей способны образовать две водородные связи за счет CO и NH (карбокси и амино групп). Аналогично всё происходит и между параллельным и антипараллельным тяжем. Там водородная связь образуется за счет CO тирозина - 54 и NH глутаминовой кислоты - 20.