|
|
Мостиковые взаимодействия в структуре белка Inorganic Pyrophosphatase (идентификатор PDB 1YGZ) из генома бактерии Helicobacter Pylori штамм J99 в программе Jmol |
|
Мостиковые взаимодействия являются одним из механизмов, поддерживающих структуру белка. По сравненю с водородными связями или гидрофобными
взаимодействиями, их вклад не велик (за исключением нескольких случаев, например, белок, рассматриваемый в пункте про цистеиновые мостики держится почти полностью на них).
Мостиковые взаимодействия бывают разных типов:
Рисунок 1.Карта расоположения зарядовых мостиков. Красным цветом выделены зарядовые мостики, зеленым - остальная часть белка. Такую карты несложно сделать для любого белка. Для этого я исполнил следующие команды в Jmol:
Рисунок 2. Детально естроение зарядового мостика в пространстве между аргинином - 87 и аспарагиновой кислоты - 110 кластера E. Следующим видом мостиков являются так называемые цистеиновые мостики. Это ковалентные связи, образованные атомами серы двух остатков цистеина. В моем белке цистен полностью отсутствует (select Cys выдает, что выделено 0 атомов). Поэтому в качестве примера я взал инсулин с идентификатором PDB - 4IYD. На рисунке 3 отчетливо видно, что структура белка практически держится за счет этих цистеиновых связей.Рисунок 3. Пространственное строение цистеинового мостиа. Жетлым цветом выделены атомы серы, все остальные по стандарту cpk. Длина такой связи 1.95 А. Двугранные угол связи близок к 90 градусам. Следующий тип взаимодействие водородные мостики - это водородные связи, не являющиеся солевыми мостиками. Они могут возникать между незаряженными остатками аминокислот, остатков и остовом. Пример такого взаимодействия между радикалов аспарагина 159 и остовов показан на рисунке 4.Рисунок 4. Водородная связья, не являющаяся солевым мостиком. Донор плотности - кислород из радикала аспарагина 159, акцептор азот - из главной цепи глутаминовой кислоты 158. |
|
|
Просвиров Кирилл. 2013. | Дата последнего изменения: 6 марта 2014. |