|
|
Мотивы, MEME & ProSite |
|
На прошлом практикуме речь шла о мотивах. Одним из определений мотива является некая последовательность аминокислот, сходная у белков, выполняющих одну
функцию. Он служит сигнальным элементов, позволяющих определять различные классы белков. Для задания я использовал последовательности из прошлого практикума ( fasta
файл можно получить по ссылке ). Для поиска возможных мотивов был использован сервис ProSite ( ProSite).
Для трех последовательностей был найден мотив. ![]() Рисунок 1. Множественное выравнивание.62 - 72 - мотив. Результатом стал паттерн - графическая запись мотива - PPASE, PS00387; Inorganic pyrophosphatase signature (PATTERN).( Описание мотива). Паттерн имеет следующий вид:D-[SGDN]-D-[PE]-[LIVMF]-D-[LIVMGAC]3 остатка аспарагиновой кислоты служат для связи катиона металла. Это сильный паттерн. Он позволяет найти все белки из данного выравнивания. Из базы Uniprot/Swiss-prot по данному паттерну находится 124 белка из 137 белков, принадлежаших классу фосфатаз. ![]() Рисунок 2. Лого паттерна. Далее на основе сильного паттерна был создан слабый паттерн. Нельзя из него исключить D, так как они связывают металл. Тогда слабый паттерн будет выглядеть следующим образом:D-X-D-X-X-D-XСлабый паттерн даёт больше находок, но многие из них не входят в класс фосфатаз. В базе Uniprot/Swiss-prot было найдено 13303 совпадений в 10001 последовательности. Как видно мотив очень слабый. |
|
|
Просвиров Кирилл. 2013. | Дата последнего изменения: 22 марта 2014. |