Личный сайт
Предсказание генов у эукариот
GENSCAN
Для выполнения практикума был выдан фрагмент человеческой последовательности - файл. Для предсказания последовательности генов и экзон-интронной структуры данного фрагмента использовалась GENSCAN.| Начало | Конец | Номер гена | Цепь | Тип |
| 319 | 427 | 1 | + | Внутренний |
| 509 | 643 | 1 | + | Внутренний |
| 818 | 926 | 1 | + | Конечный |
| 2132 | 1840 | 2 | - | Конечный |
| 3211 | 2896 | 2 | - | Внутренний |
| 3731 | 3683 | 3 | - | Конечный |
| 3918 | 3858 | 3 | - | Внутренний |
| 5657 | 5475 | 3 | - | Внутренний |
| 6224 | 6152 | 3 | - | Внутренний |
| 7160 | 7118 | 3 | - | Внутренний |
| 7398 | 7283 | 3 | - | Внутренний |
| 7562 | 7504 | 3 | - | Внутренний |
| 7784 | 7677 | 3 | - | Внутренний |
| 8455 | 8400 | 3 | - | Внутренний |
| 8603 | 8535 | 3 | - | Внутренний |
| 9792 | 9756 | 3 | - | Внутренний |
| 11703 | 11594 | 3 | - | Внутренний |
| 12418 | 12311 | 3 | - | Внутренний |
| 12634 | 12546 | 3 | - | Внутренний |
| 12848 | 12779 | 3 | - | Внутренний |
| 13036 | 12956 | 3 | - | Внутренний |
| 13263 | 13159 | 3 | - | Внутренний |
| 13477 | 13394 | 3 | - | Внутренний |
| 14789 | 14636 | 3 | - | Внутренний |
| 15195 | 15009 | 3 | - | Внутренний |
| 16573 | 16546 | 3 | - | Начальный |
| 18845 | 18686 | 4 | - | Конечный |
Таблица 1. Информация об интронах в генах выданного мне фрагмента, получено с помощью GENSCAN
Genome Browser
Далее на UCSC была использована программа BLAT (аналог BLAST) против сборки генома от декабря 2013 - hg38. Из общей выдачи программы была выбрана первая строка с Identity 100% и coverage 98,40%.
Рис. 1. Выдача программы BLAT для моего фрагмента
Далее, перейдя по ссылке browser и изменив настройки, можно увидеть, как выравниваются с моим фрагментом генномная ДНК, сплайсированные EST и мРНК из базы.
Рис. 2. Фрагмент окна при настройке параметров в browser
Рис. 3. Кассетный экзон выделен красным
Рис. 4. Альтернативный донорный сайт выделен синим
Рис. 5. Альтерантивный акцепторный сайт выделен зеленым
BLASTX
Рис. 6. Actinidia chinensis - объект исследования для этого задания
По аналогии с предыдущим заданием был выдан фрагмент генома - файл. Для этого фрагмента сначала был проведен BLASTX против базы SwissProt, по всем Viridiplantae, за исключением винограда (Vitis vinifera)ю .
Рис. 7. Результаты поиска blastX против базы SwissProt.
Как видно из рисунка 7, всего удалось найти 5 белков.| Номер экзона | Координаты начала | Координаты конца |
| 1. Предположтельно белок, связывающий гомологичные хромосомы | ||
| 1 | 5838 | 6107 |
| 2 | 6278 | 6655 |
| 3 | 6732 | 6830 |
| 2. Предположительно миозин-5 | ||
| 1 | 20831 | 20649 |
| 3. Предположительно серин-треонин киназа | ||
| 1 | 26993 | 26688 |
| 2 | 26623 | 26501 |
| 3 | 26385 | 26182 |
| 4. Предположительно ацетилтрансферазный компонент пируват дегидрогеназного комплекса | ||
| 1 | 60052 | 60201 |
| 2 | 61318 | 61337 |
| 3 | 61484 | 61555 |
| 5. Предположительно транспортер нитрата | ||
| 1 | 102309 | 101749 |
| 2 | 99096 | 98203 |
| 3 | 74096 | 73725 |
| 4 | 72057 | 71497 |
| 5 | 68562 | 67684 |
Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.