Начало | Конец | Номер гена | Цепь | Тип |
319 | 427 | 1 | + | Внутренний |
509 | 643 | 1 | + | Внутренний |
818 | 926 | 1 | + | Конечный |
2132 | 1840 | 2 | - | Конечный |
3211 | 2896 | 2 | - | Внутренний |
3731 | 3683 | 3 | - | Конечный |
3918 | 3858 | 3 | - | Внутренний |
5657 | 5475 | 3 | - | Внутренний |
6224 | 6152 | 3 | - | Внутренний |
7160 | 7118 | 3 | - | Внутренний |
7398 | 7283 | 3 | - | Внутренний |
7562 | 7504 | 3 | - | Внутренний |
7784 | 7677 | 3 | - | Внутренний |
8455 | 8400 | 3 | - | Внутренний |
8603 | 8535 | 3 | - | Внутренний |
9792 | 9756 | 3 | - | Внутренний |
11703 | 11594 | 3 | - | Внутренний |
12418 | 12311 | 3 | - | Внутренний |
12634 | 12546 | 3 | - | Внутренний |
12848 | 12779 | 3 | - | Внутренний |
13036 | 12956 | 3 | - | Внутренний |
13263 | 13159 | 3 | - | Внутренний |
13477 | 13394 | 3 | - | Внутренний |
14789 | 14636 | 3 | - | Внутренний |
15195 | 15009 | 3 | - | Внутренний |
16573 | 16546 | 3 | - | Начальный |
18845 | 18686 | 4 | - | Конечный |
Таблица 1. Информация об интронах в генах выданного мне фрагмента, получено с помощью GENSCAN
Рис. 1. Выдача программы BLAT для моего фрагмента
Далее, перейдя по ссылке browser и изменив настройки, можно увидеть, как выравниваются с моим фрагментом генномная ДНК, сплайсированные EST и мРНК из базы.Рис. 2. Фрагмент окна при настройке параметров в browser
Рис. 3. Кассетный экзон выделен красным
Рис. 4. Альтернативный донорный сайт выделен синим
Рис. 5. Альтерантивный акцепторный сайт выделен зеленым
Рис. 6. Actinidia chinensis - объект исследования для этого задания
По аналогии с предыдущим заданием был выдан фрагмент генома - файл. Для этого фрагмента сначала был проведен BLASTX против базы SwissProt, по всем Viridiplantae, за исключением винограда (Vitis vinifera)ю .Рис. 7. Результаты поиска blastX против базы SwissProt.
Как видно из рисунка 7, всего удалось найти 5 белков.Номер экзона | Координаты начала | Координаты конца |
1. Предположтельно белок, связывающий гомологичные хромосомы | ||
1 | 5838 | 6107 |
2 | 6278 | 6655 |
3 | 6732 | 6830 |
2. Предположительно миозин-5 | ||
1 | 20831 | 20649 |
3. Предположительно серин-треонин киназа | ||
1 | 26993 | 26688 |
2 | 26623 | 26501 |
3 | 26385 | 26182 |
4. Предположительно ацетилтрансферазный компонент пируват дегидрогеназного комплекса | ||
1 | 60052 | 60201 |
2 | 61318 | 61337 |
3 | 61484 | 61555 |
5. Предположительно транспортер нитрата | ||
1 | 102309 | 101749 |
2 | 99096 | 98203 |
3 | 74096 | 73725 |
4 | 72057 | 71497 |
5 | 68562 | 67684 |
Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.