Личный сайт
Предсказание генов у прокариот
ORF Finder
В качестве исходного материала был выдан континг микробиома кардиального отдела желудка валлаби - контиг. Первой была использована программа ORF Finder на сайте NCBI.
Рис. 1. Вывод программы ORF Finder для выданного мне контига.
Как видно, найдено много котингов длиной более 60 а.о., то есть более 180 нуклеотидов. Далее без каких-либо изменений был проведен бласт всех последовательностей.| Начало | 1527 | 192 | 653 | 1185 |
| Конец | 2738 | 683 | 988 | 1466 |
| Длина в а.о. | 403 | 163 | 111 | 93 |
| Цепь | + | + | + | + |
| Описание | Цистиен десульфураза | Рибосомальный белок L11 - метилтрансфераза | 16S рРНК метилтрансфераза | 16S рРНК метилтрансфераза |
Таблица 1. Результаты анализа ORF Finder + Blast.
При бласте были использованы следующие параметры: E-value < 0.001, Coverage > 80%, база - SwissProt.В итоге, две рамки, первая и четвертая, дали очень хорошие результаты в Blastе, при это эти рамки не перекрываются. Исходя из этого, можно говорить о том, что в выданном мне контиге содержатся 2 гена. Результаты бласта первой рамки в файле файл. Результаты бласта четвертой рамки в файле файл. Там описаны последовательности бактерий, идентификаторы и названия организмов.Белки - цистеин-десульфураза и метилтрансфераза. Даже можно сказать о том, что за бактерия это была, так как первые совпадения в двух бластах одинаковые - Firmicuts bacterium .
Рис. 2. Часть результатов бласта четвертой рамки.
GeneMark
Далее была использована программа GeneMark для поиска рамок.
Рис. 3. Часть кодирующего потенциала GeneMark с параметрами 1999 г.
Полностью потенциал можно посмотреть в файле .
GeneMark.hmm PROKARYOTIC (Version 3.25)
Date: Mon Nov 17 13:49:51 2014
Sequence file name: seq.fna
Model file name: /home/genemark/bin/gmsuite/heu_11.mod
RBS: false
Model information: Heuristic_model_for_genetic_code_11_and_GC_55
FASTA definition line: empty-fasta-def-line
Predicted genes
Gene Strand LeftEnd RightEnd Gene Class
# Length
1 + <3 683 681 1
2 + 701 988 288 1
3 + 1185 1466 282 1
4 + 1527 2738 1212 1
5 + 2821 >2940 120 1
Текстовый вывод GeneMark
Теперь можно наглядно сравнить предсказания. Первая находка GM (сокр. GeneMark) почти совпадает с 4 ORF из OF, за исключением смещения. Вторая совпадает с 8, но смещенная. Третья полностью совпадает с 12 из OF, но Blast не подтверждает эти данные. Четвертая совпадает с 1 из OF, для неё Blast дает множество гомологов. И наконец пятая совпадает с 17 полностью, но Blast не находит гомологов в принципе. В итоге, если анализировать оба подхода, то они практически совпадают в рамках первой и четвертой, которые действительно, согласно бласту, содержат белки.| Номер находки в GeneMark | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| Номер находки в OF | 4 | 8 | 12 | 1 | 17 |
| Координаты в GeneMark | <3...683 | 701...988 | 1185...1466 | 1527...2738 | 2821....>2940 |
| Координаты в OF | 192...683 | 653...988 | 1185...1466 | 1527...2738 | 2821...2939 |
| Совпадение по 10-ти балльной шкале | 6 | 8 | 10 | 10 | 10 |
Изменение параметров GeneMark
GeneMark.hmm PROKARYOTIC (Version 3.25)
Date: Mon Nov 17 14:12:13 2014
Sequence file name: seq.fna
Model file name: /home/genemark/bin/gmsuite/MetaGeneMark_v1.mod
RBS: false
Model information: Heuristic_model_for_genetic_code_11_and_GC_55
FASTA definition line: empty-fasta-def-line
Predicted genes
Gene Strand LeftEnd RightEnd Gene Class
# Length
1 + <3 683 681 1
2 + 701 988 288 1
3 + 1185 1466 282 1
4 + 1515 2738 1224 1
5 + 2821 >2940 120 1
Текстовый вывод GeneMark
Выходной файл: файл.
Рис. 4. Часть кодирующего потенциала для GeneMark с параметрами 2010 г.
Исходя из выводов, видно, что в результате лишь съехало начало 4 рамки на 12 нуклеотидов, а все остальное осталось, как и было.Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.