Анализ качества и очистка чтений

Анализ качества чтений

Для практикума использовался файл с чтениями из резуховидки . В виду большого размера, я не имею возможности разместить его здесь. Первым делом необходимо было проверить качество чтений с помощью FastQC. Html-вывод доступен по ссылке.

Рис. 1. Графическое представления качества ридов

Очистка чтений

Для очистики чтений необходимо было использовать Trimmomatic, разобравшись с программой на их официальном сайте, была составлена следующая команда:
java -jar usr/share/java/trimmomatic-0.32.jar SE -phred33 Ath_tae_CTTGTA_L003_R2_004.fastq.gz output.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7 TRAILING:20 MINLEN:50. Она удаляет последовательность адаптеров, отрезает с конца каждого прочтения нуклеотиды с качеством ниже 20 и оставляет прочтения только длиннее 50 нуклеотидов. Форматов был выбран phred33, так как использовалась Illumina 1.9. Перед использованием был создан свой файл с адаптерами. Результат представлен на странице.

Рис. 2. Графическое представления качества ридов после обработки с помощью trimmomatic

После обработки из 4000000 последовательностей осталось 9515.

Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.