Личный сайт
Онлайн BLAST
Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
Мне был выдан фрагмент ДНК и с помощью Blast было необходимо найти организм. После проведения процедуры Blast было найдено одно 100%-ное совпадение. В итоге, исходной бактерией была Haloquadratum Walsbyi из семейства Halobacteriaceae.
Рис 1. Haloquadratum Walsbyi, изображение взято с сайта MicrobeWIKI.
Поиск гомолога белка человека в слоне
Необходимо было выбрать белок человек, идентификатор которого и моя фамилия начинаются с максимального числа одинаковых букв. Для провери был использован следующий запрос на сервере kodomo: infoseq sw:x*_human -only -name -desc -out file_name.txt Был выбран файл PROF4_HUMAN . Fasta-файл получен с помощью seqref sw:prof4_human.fasta -auto . Далее на сайте ENA был произведен поиск гомологов в африканском слоне ( Loxodonta Africana). Для этого был выбран чекбокс "spliced translated nucleotide search" (позволяет искать не отдельные экзоны, а белок полностью) и в графе "Collection" выбран "Loxodonta_africana". Найедена одна последовательность:- E-value - 1E-56
- Длина полученного выравнивания - 121
- Identity - 91%
- Координаты гена в геноме слона -36808664<-36807148
- Количество интронов в гене - 2
Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST
Необходимо было для выданной бактерии вырезать в отдельный файл какую-либо тРНК. Моя бактерия: Helicobacter pylori J99. Был использован сайт Genomic tRNA database. Получена следующая последовательность аланиновой тРНК: tRNA . Порядок моей бактерии: Campylobacterales.Поиск был проведен с помощью megablast, blastn с параметрами по умолчанию, blasn с длиной слова =7, match/mismatch = 1\-1.
| Алгоритм поиска | Количество совпадений с E-value <0.001 |
| megaBLAST | 333 |
| BLASTN по умолчанию | 933 |
| BLASTN с параметрами | 0 |
Таблица 1. Результаты задания 3.
Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.