Онлайн BLAST
Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
Мне был выдан
фрагмент ДНК и с помощью Blast было необходимо найти организм. После проведения
процедуры Blast было найдено одно 100%-ное совпадение. В итоге, исходной бактерией была
Haloquadratum Walsbyi из семейства
Halobacteriaceae.
Рис 1. Haloquadratum Walsbyi, изображение взято с сайта MicrobeWIKI.
Поиск гомолога белка человека в слоне
Необходимо было выбрать белок человек, идентификатор которого и моя фамилия начинаются с максимального числа одинаковых букв.
Для провери был использован следующий запрос на сервере kodomo:
infoseq sw:x*_human -only -name -desc -out file_name.txt
Был выбран файл
PROF4_HUMAN . Fasta-файл получен с помощью
seqref sw:prof4_human.fasta -auto .
Далее на сайте ENA был произведен поиск гомологов в африканском слоне (
Loxodonta Africana). Для этого был выбран чекбокс "spliced translated nucleotide search"
(позволяет искать не отдельные экзоны, а белок полностью) и в графе "Collection" выбран "Loxodonta_africana".
Найедена одна последовательность:
- E-value - 1E-56
- Длина полученного выравнивания - 121
- Identity - 91%
- Координаты гена в геноме слона -36808664<-36807148
- Количество интронов в гене - 2
Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST
Необходимо было для выданной бактерии вырезать в отдельный файл какую-либо тРНК. Моя бактерия:
Helicobacter pylori J99.
Был использован сайт
Genomic tRNA database.
Получена следующая последовательность аланиновой тРНК:
tRNA .
Порядок моей бактерии: Campylobacterales.
Поиск был проведен с помощью megablast, blastn с параметрами по умолчанию, blasn с длиной слова =7,
match/mismatch = 1\-1.
Алгоритм поиска |
Количество совпадений с E-value <0.001 |
megaBLAST |
333 |
BLASTN по умолчанию |
933 |
BLASTN с параметрами |
0 |
Таблица 1. Результаты задания 3.
Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.