Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка

Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

Для выполнению задания были использованы риды, картированные на геномы из предыдущего практикума. Для выполнение работы с bcftools необходимы перевести файл в формат .bcf. Были использованы следующие команды:

• samtools mpileup -ugf input.fasta aln.sorted.bam > pr14.bcf- создание файла в формате bcf, опции: -g - рассчет сходства генотипов и выдать файл в формате bcf, -u - выдача несжатого bcf, -f - приложение файла с референсной последовательностью
• bcftools view -vcg pr14.bcf > pr14.vcf - расчет SNP и инделей
• grep 'INDEL;' pr14.vcf | wc -l
• grep 'DP=' pr14.vcf | wc -l

В итоге нашлось 19 инделей и 72 полиморфизма. Файл формата vcf можно получить по ссылке.

Сборка хлоропласта и митохондрии

Сборка осуществлялась с помощью пакета velvet, использующего алгоритмы с графом Де Брейне. С помощью двух команд был собран геном.

• velveth velveth_dir 32 -fastq out.fastq - создание банка k-меров длиной 32
• velvetg velveth_dir -cov_cutoff auto - соединение k-меров с помощью графа в контиги

NP50 - 109.

ID	lgth	out	in	long_cov	short1_cov	short1_Ocov	short2_cov	short2_Ocov	long_nb	short1_nb	short2_nb
34	445	0	0	0.000000	1.833708	1.833708	0.000000	0.000000	0	0	0
18	407	0	0	0.000000	2.746929	2.746929	0.000000	0.000000	0	0	0
65	368	0	0	0.000000	1.861413	1.861413	0.000000	0.000000	0	0	0
80	351	0	0	0.000000	2.037037	2.037037	0.000000	0.000000	0	0	0
309	337	0	0	0.000000	2.341246	2.249258	0.000000	0.000000	0	0	0
51	335	0	0	0.000000	1.459701	1.364179	0.000000	0.000000	0	0	0
256	317	0	0	0.000000	2.028391	1.930599	0.000000	0.000000	0	0	0
76	304	0	0	0.000000	1.588816	1.588816	0.000000	0.000000	0	0	0
158	289	0	0	0.000000	1.788927	1.788927	0.000000	0.000000	0	0	0
558	273	0	0	0.000000	1.732601	1.732601	0.000000	0.000000	0	0	0

Таблица 1. Десять самых длинных контигов, информация получена из статистики с помощью сортировки в Excel

Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.