Занятие 10
PWM для последовательности Шайна-Дальгарно в геноме бактерии helibacter Pylori J99
С FTP-сервера NCBI был скачан геном
Helicobacter Pylori штамма J99 (
ссылка). С использованием хромосомной
таблицы были определны координа стартов для 100 генов и вырезаны области -35:0 для этих генов. Получен
файл для применения seqret.
Далее с использование
seqret @seqret.txt mysequences.fasta был получен
файл с кусками последовательностей для использования MAST и MEME.
Команда MEME:
meme -plib /etc/meme/prior30.plib myseqs.fasta
В результате выполнения программе MEME была получена
папка с файлами. Интерес также представляет лого, представленное на рисунке 1.
Рис.1. Лого, полученное программой MEME
Профиль представлен на html
странице вывода.
Результат MAST представлен по
ссылке.
Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.