Занятие 10

PWM для последовательности Шайна-Дальгарно в геноме бактерии helibacter Pylori J99

С FTP-сервера NCBI был скачан геном Helicobacter Pylori штамма J99 (ссылка). С использованием хромосомной таблицы были определны координа стартов для 100 генов и вырезаны области -35:0 для этих генов. Получен файл для применения seqret.
Далее с использование seqret @seqret.txt mysequences.fasta был получен файл с кусками последовательностей для использования MAST и MEME.
Команда MEME: meme -plib /etc/meme/prior30.plib myseqs.fasta

В результате выполнения программе MEME была получена папка с файлами. Интерес также представляет лого, представленное на рисунке 1.

Рис.1. Лого, полученное программой MEME

Профиль представлен на html странице вывода.
Результат MAST представлен по ссылке.

Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.