Личный сайт
Просвирова Кирилла

База STRING

Результаты

Был проведен поиск моего белка в базе данных с использованием последовательности аминокислот. Был выбран белок штамма J99.
>sp|Q9ZLL5|IPYR_HELPJ Inorganic pyrophosphatase OS=Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) GN=ppa PE=3 SV=1
MNLDQLEVSHDADSLCVVIEISKHSNIKYELDKESGALMVDRVLYGAQNYPANYGFVPNT LGSDGDPVDALVLSDVAFQAGSVVKARLVGVLNMEDESGMDEKLLALPIDKIDPTHSYVK DIDDLSKHTLDKIKHFFETYKDLEPNKWVKVKGFENKESAIKVLEKAIKAYQG

Рис. 1. Граф белков первого уровня близости.

Ниже, на рисунке 2, приведена легенда, описывающая цвета ребер и вершины графа.

Рис. 2. Легенда для графа.

Полный граф взаимодействий для Medium Confidence можно просмореть по ссылке.
Описание белков-вершин:
ppk - полифосфат киназа, катализирует обратимый перенос терминальной фосфата АТФ для образования длинноцепочечного полифосфата
atpD - субъединица beta АТФ-синтазы типа F0F1, образует преимущественно все каталитические сайты АТФ-синтазы
atpE - субъединица С АТФ-синтазы типа F0F1, трансмембранный транспортер протонов
atpA - субъединица alpha АТФ-синтазы типа F0F1, регуляторная субъединица
atpG - субъединица gamma АТФ-синтазы типа F0F1, регуляторная субъединица

Рис. 3. Геномное окружение в точности до филума.


Полное дерево можно просмотреть по ссылке.

Рис. 4. Совместная встречаемость в точности до филума.

Рис. 5. Пояснение к рисунку 4.

Обсуждение

  1. Оказалось, что мой белок есть в базе, и отсутствует необходимость поиска через гомологов, которые тоже были в базе и имели крайне похожие последовательность, так что он предложил выбрать, какой из 4 белков-гомологов я имел в виду.
  2. Найденные белки к моему белку входят в состав комплекса АТФ-синтазы. Среди них есть белки регуляторы, как субъединицы АТФ-синтазного комплекса. Есть отедельная киназа ppk.
  3. Для выяснения связей между белками, был проведен поиска белка в KEGG browser в геноме Helicobacter Pylori J99. Ссылка. Был найден один pathway - Oxidative phosphorylation. Он представлен на рисунке 6. Схема полностью объясняет то, что эти все белки нашлись вместе.

    4. Рис. 6. Путь, в котором участвует мой белок.


  4. Белок совместно не встречается ни с одним из представленных на рисунке 4 белков. Но совместно встречаются atpA и atpD.
  5. Случаи сшивки отсутствуют, даже при Low Confidence и кол-ве взаимодействия < 50 (предельные параметры в STRING).
  6. Как видно по ссылке, паттерн встречаемости с моим белков образует FtsH и его гомологи (FtsH-like proteins) (блоки бледного оранжевого цвета. FtsH - АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза; она деградирует некоторые белки, не собранные в комплекс, как, например, субъединицу альфа АТФ-синтазы. Действует на мембранные и цитоплазматические белки. Согласно STRING, белок FtsH имеет связи с OxaA, aptD; а OxaA c atpE, являясь инсертазой (вставляет белки в мембрану). Связь между белками легко проследить с помощью изображения пути. В правом углу рисунка, продукты действия PPA передаются на A/B субъединицы. PPK использует PPi, полученные от PPK. Полный путь взаимодействия восстановлен. На рисунке 7 показана нужная область рисунка 6. EC 2.7.4.1 - PPK, EC 3.6.1.1 - PPA.

    Рис. 7. Часть пути.

    Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.