Занятие 3

Укоренение в среднюю точку

С помощью программы retree было получено укорененное дерево из прошлого практикума.

Рис. 1. Дерево из пр. 2 - неукорененное.

Рис. 2. Дерево из пр. 2 - укорененное с помощью retree.

Было использовано усреднение в среднюю точку - Midpoint root the tree. Усреднение произошло в ветвь - {CLOB1, CLOTE, FINM2} VS {BACSU, LACDA, ENTFA, STAES, STAA1}. На мой взгляд это укоренение можно считать правильным, если сравнивать с деревом на сайте ncbi.

Использование внешей группы

В качестве внешней группы решено было использовать этот же белок E.coli. Её последовательность была добавлена в выравнивание, оставлена лишь мнемоника, в MEGA были произведены следующие действия: Subtree --> Root --> Указана ветвь к ECOLI --> Show subtree separately.

Рис. 3. Фрагмент выравнивания.

Рис. 4. Дерево до применения внешней группы.

Рис. 5. Дерево после применения внешней группы.

Применение boostrap

Рис. 6. Original дерево.

Рис. 5. Bootstrap.

Очевидно, что деревья получились идентичные.
Файлы:
Выравнивание
Конечное дерево с корнем

Просвиров Кирилл. Дата последнего изменения: 4 октября 2014.