Построение поверхности

Раскраска участка поверхности

В качестве структуры был выбран димер пуринового репрессора с PDB ID 1JH9. Так как это димер, вторая субъединица была достроена с помощью symexp. Были получены изображения ниже.

Рис. 1. Поверхность контакта между двумя субъединицами.

Рис. 2. Поверхность контакта между белком и ДНК.

Рис. 3. Поверхность контакта между белком и ДНК. ДНК в модели sticks.

Анализ поверхностей с помощью CluD

Использованные параметры: distance threshold - 5 Å , minimal atoms in group - 10.

Рис. 4. Поверхность контакта между белком и ДНК. Атомы из CluD фиолетового цвета.