Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
Выбор структуры
Был выбран белок месяца Programmed Death Cell Protein 1 с PDB ID 3bp5.
Рис. 1. Биологическая единица белка 3bp5.
В PFAM было найдено два домена в разных цепях: в цепи А - Immunoglobulin V-set domain, а в цепи B - CD80-like C2-set immunoglobulin domain, рис. 2.
Рис. 2. Доменная организация белка согласно PFAM.
Другие сервисы, помимо Pfam - SCOP, ECOD и CATH определяли границы доменов не всегда так же.
Таблица 1. Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
| БД | Домен | Границы |
| Pfam | V-set | 38-145 A |
| C2-set | 126-202 B | |
| SCOP | d3bp5a_ | 1-114 A |
| - | - | |
| ECOD | V-set | 1-114 A |
| EUFO7111 | 19 - 209 B | |
| CATH | 3bp5A00 | 1-114 A |
| 3bp5B01 | 1-103 B | |
| 3bp5B02 | 104-191 B |
Как видно, кажда цепь вся или практически вся определяется водин из двух доменов. Самые короткие границы доменов указывает Pfam.