|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Восстановление функции электронной плотности |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ЗадачиЦель данной работы заключается в исследовании качества восстановления функции ЭП от одной переменной в зависимости от того, какие и сколько гармоник ряда Фурье используются для ее восстановления. Задание включает следующие этапы:
Создание модели и задание функцииНа отрезке [0,30] Å расположены две молекулы: 3 атома + 2 атома. Атомы в молекуле связаны ковалентно и находятся на расстоянии 1-1.5 анстрем друг от друга. Молекулы расположены на расстоянии 4-5 ангстрем (водородная связь или гидрофобное взаимодействие между ними). Электронные плотности (ЭП) атомов описываются гауссовой кривой. Максимум ЭП в центре атома приблизительно пропорционален числу электронов в атоме.Функция электронной плотности атомов на этом отрезке была задана с помощью скрипта compile-func.py: python compile-func.py -g 2,2.1,7+24,3.4,8.06+28,3.1,9.22+2,2.1,13.06+32,3.04,14.02+2,2.1,14.98+32,3.04,16.97+ 64,3.6,18.49+32,3.04,19.99+2,2.1,20.94 График электронной плотности модели представлен на рис. 1. Координаты приведен в файле. Рис. 1. График электронной плотности модели. Коэффициенты ФурьеКоэффициенты ряда Фурье получены при помощи скрипта func2fourier.py. Ранее полученный файл был разложен на 499 гармоники на отрезке [0,30] Å. Входной файл, выходной файл.Восстановление ЭППолный набор гармоникДля полного набор при помощи скрипт fourier2func.py была восстановлена плотность.Рис. 2. График восстановленной электронной плотности модели. По полному набору гармоник, исходя из графика, можно полностью определить положения макисмумов для всех гауссовых слагаемых в функции ЭП. Далее, комбинируя fourier2func.py и fourier-filter.py с разными параметрами, была сделана попытка найти минимальное число гармоник, при котором будет отличное восстановление.
Рис. 3. Разные функции ЭП при разном числе гармоник. Из рис. 3. видно, что отличное восстановление (когда мы можем определить все положения максимумов) достигается при n0 = 40 . ШумПосле к полному набору был добавлен шум , графики функции ЭП представлены на рис. 4.
Рис. 4. Разные функции ЭП при разном шуме. Сплошная линия - изначальная функция, пунктирная - с шумом. При добавлении небольшого количество шума (10% к фазе или 10% к амплитуде или 5% туда и туда) сохраняет хорошее восстановление. Если добавить чуть больше, то уже восстановление станет средним, а если больше, то оно уже станет плохим. Также стоит заметить что шум в фазе вносит большую погрешность, что возвращает нас к фазовой проблеме. Неполный наборДалее при помощи все тех же скриптов были получены неполные наборы гармоник.
Рис. 5. Разные функции ЭП при разном количестве гармоник. Сплошная линия - изначальная функция, пунктирная - с шумом. Проанализировав рис. 5, можно сделать следующие выводы:
Определение разрешения Разрешение полного набора гармоник равно 0.75 Å (30 Å / 41 гармонику). Таблица с конечной информации
по восстановлению ЭП представлена ниже.
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Просвиров Кирилл. 2013. | Дата последнего изменения: 10 декабря 2016. |