Восстановление функции электронной плотности

Задачи

Цель данной работы заключается в исследовании качества восстановления функции ЭП от одной переменной в зависимости от того, какие и сколько гармоник ряда Фурье используются для ее восстановления.

Задание включает следующие этапы:

  • Создание модельной функции ЭП в одномерной элементарной ячейке;
  • Расчет параметров сигнала, моделирующих экспериментальные данные: амплитуды и фазы;
  • Восстановление функции ЭП по модельным ("экспериментальным") данным;
  • Оценка качества восстановления функции ЭП.

Создание модели и задание функции

На отрезке [0,30] Å расположены две молекулы: 3 атома + 2 атома. Атомы в молекуле связаны ковалентно и находятся на расстоянии 1-1.5 анстрем друг от друга. Молекулы расположены на расстоянии 4-5 ангстрем (водородная связь или гидрофобное взаимодействие между ними). Электронные плотности (ЭП) атомов описываются гауссовой кривой. Максимум ЭП в центре атома приблизительно пропорционален числу электронов в атоме.
Функция электронной плотности атомов на этом отрезке была задана с помощью скрипта compile-func.py:
python compile-func.py -g 2,2.1,7+24,3.4,8.06+28,3.1,9.22+2,2.1,13.06+32,3.04,14.02+2,2.1,14.98+32,3.04,16.97+ 64,3.6,18.49+32,3.04,19.99+2,2.1,20.94 График электронной плотности модели представлен на рис. 1. Координаты приведен в файле.

Рис. 1. График электронной плотности модели.

Коэффициенты Фурье

Коэффициенты ряда Фурье получены при помощи скрипта func2fourier.py. Ранее полученный файл был разложен на 499 гармоники на отрезке [0,30] Å. Входной файл, выходной файл.

Восстановление ЭП

Полный набор гармоник

Для полного набор при помощи скрипт fourier2func.py была восстановлена плотность.

Рис. 2. График восстановленной электронной плотности модели.


По полному набору гармоник, исходя из графика, можно полностью определить положения макисмумов для всех гауссовых слагаемых в функции ЭП. Далее, комбинируя fourier2func.py и fourier-filter.py с разными параметрами, была сделана попытка найти минимальное число гармоник, при котором будет отличное восстановление.
n0 = 1

n0 = 10

n0 = 20

n0 = 25

n0 = 30

n0 = 40

Рис. 3. Разные функции ЭП при разном числе гармоник.

Из рис. 3. видно, что отличное восстановление (когда мы можем определить все положения максимумов) достигается при n0 = 40 .

Шум

После к полному набору был добавлен шум , графики функции ЭП представлены на рис. 4.


10% к амплитуде

10% к фазе

5% к обоим

20% к амплитуде

20% к фазе

10% к обоим

50% к амплитуде

50% к фазе

25% к обоим

Рис. 4. Разные функции ЭП при разном шуме. Сплошная линия - изначальная функция, пунктирная - с шумом.

При добавлении небольшого количество шума (10% к фазе или 10% к амплитуде или 5% туда и туда) сохраняет хорошее восстановление. Если добавить чуть больше, то уже восстановление станет средним, а если больше, то оно уже станет плохим. Также стоит заметить что шум в фазе вносит большую погрешность, что возвращает нас к фазовой проблеме.

Неполный набор

Далее при помощи все тех же скриптов были получены неполные наборы гармоник.


1 - 40 гармоники

2 - 40 гармоники

3 - 40 гармоники

0 - 18 гармоники

23 - 40 гармоники

0 - 40 гармоники + ещё одна

Рис. 5. Разные функции ЭП при разном количестве гармоник. Сплошная линия - изначальная функция, пунктирная - с шумом.

Проанализировав рис. 5, можно сделать следующие выводы:

  • При удалении первой гармонике происходит сдвиг вдоль OY - объясняется тем, что мы удаляем F0 - который константа
  • При удаление первым двух выкидается константа F0 и синусоида с самым большим периодом
  • При удалении первых трех выкидывает константа F0, синусоида с самым большим периодом и синусоида с перодом в два раза меньше
  • При удалении гармоник в середине набора точность гораздо ухудшилось - значит важны гармоники в основном из середины набора
  • При добавлении ещё одной гармоники картинка не изменилась

Определение разрешения

Разрешение полного набора гармоник равно 0.75 Å (30 Å / 41 гармонику). Таблица с конечной информации по восстановлению ЭП представлена ниже.

Набор гармоник Разрешение (A) Полнота данных (%) Шум амплитуды (% от F) Шум фазы (% от phi) Качество восстановления
Полный набор гармоник
0-498 0.06 100 0 0 отличное
0-1 15 100 0 0 плохое
0-10 2.7 100 0 0 плохое
0-20 1.4 100 0 0 среднее
0-25 1.2 100 0 0 хорошее
0-30 1.0 100 0 0 хорошее
0-40 0.73 100 0 0 отличное
0-40 0.73 100 10 0 отличное
0-40 0.73 100 0 10 хорошее
0-40 0.73 100 5 5 хорошее
0-40 0.73 100 20 0 хорошее
0-40 0.73 100 0 20 среднее
0-40 0.73 100 10 10 среднее
0-40 0.73 100 50 0 среднее
0-40 0.73 100 0 50 плохое
0-40 0.73 100 25 25 плохое
Неполный набор гармоник
1-40 0.75 97.5 0 0 отличное
2-40 0.77 95 0 0 отличное
3-40 0.79 93 0 0 отличное
0-18, 23-40 0.81 90 0 0 среднее
0-40, 50 0.73 100 0 0 отличное


Просвиров Кирилл. 2013.