Изучение файла структурных данных

Исходные данные

Здесь использовался все тот же белок с PDB ID 4FAZ. Для задания из PDB записи были получены: mmCIP файл и файл со структурными факторами.

Анализ

Число структурных факторов легко найти ещё в заголовочнике.

# _diffrn_reflns.diffrn_id 1
_diffrn_reflns.pdbx_d_res_high 1.569
_diffrn_reflns.pdbx_d_res_low 47.215
_diffrn_reflns.limit_h_max 38
_diffrn_reflns.limit_h_min 0
_diffrn_reflns.limit_k_max 48
_diffrn_reflns.limit_k_min 0
_diffrn_reflns.limit_l_max 44
_diffrn_reflns.limit_l_min 0
_diffrn_reflns.number 22831
_diffrn_reflns.pdbx_number_obs 22446 #

Число факторов - 22831, для оптимизации использовалось 22446 из них (те факторы, у которых в _refln.status стоит о). Процент факторов с сигналом больше 3 равен 97.8%.

Неизмеренные структурный факторы

Долго их искать не приходится, они находятся прямо в начале таблице со структурными факторами.

# loop_
_refln.crystal_id
_refln.wavelength_id
_refln.scale_group_code
_refln.index_h
_refln.index_k
_refln.index_l
_refln.status
_refln.F_meas_au
_refln.F_meas_sigma_au
1 1 1 0 0 2 x ? ?
1 1 1 0 0 4 x ? ?
1 1 1 0 0 6 x ? ?
1 1 1 0 0 8 x ? ?
1 1 1 0 0 10 x ? ?
1 1 1 0 0 12 x ? ?
1 1 1 0 0 14 x ? ?
1 1 1 0 0 16 x ? ?
1 1 1 0 0 18 x ? ?
1 1 1 0 0 20 x ? ?
1 1 1 0 0 22 x ? ?
1 1 1 0 0 24 x ? ?
1 1 1 0 0 26 x ? ?
1 1 1 0 0 28 x ? ?
1 1 1 0 0 30 x ? ?


Просвиров Кирилл. 2013.