Совмещение структур
Выбор структуры и поиск гомологов
Была выбрана цепь А белка с PDB ID 3BP5. В качестве гомологов было выбрано 2 структуры - из крысы 1NPU и из человека 5IUS. Результаты множственного структурного выравнивания из PDBefold представлены на рис. 1 и 2, его можно получить по ссылке .
Рис. 1. Множественное выравнивание структур в модели cartoon.
Рис. 2. Множественное выравнивание структур в модели backbone.
Структурное выравнивание можно сравнить с вырававниванием последовательностей. В структурном выравненными являются позиции, где стоит большая буква.
Рис. 3. Структурное выравнивание в Jmol.
Рис. 4. Выравнивание последовательностей в Jmol, метод Muscle.
Как видно рис. 3 и 4 до 60 позици выравнивание одинаковые, а дальше происходит сдвиг в выравнивании по последовательности, поэтому отсутствует достаточно большой блок. На мой взгляд это достаточно просто объяснить, как недостаток метода выраванивания по последовательности. Не стоит искать тут глубокий подтекст в гомологии и прочем, просто алгоритмы выравнивания чисто попоследовательности лишены такого свойства, как учет структуры и все.