Нахождение гидрофобных кластеров

Гидрофобные кластеры

С помощью программы CluD в структуре 3bp5 были определены гидрофобные кластеры, представленные на рис. 1.

4.5, less 3	4.5, less 10	4.5, less 100
5.4, less 3	5.4, less 10	5.4, less 100

Рис. 1. Гидрофобные кластеры для 3bp5 при разных начальных параметрах - минимальном числе а.о. в кластере и расстоянии.

Видно, что даже при ужесточении условий гидрофобные ядра хоть и уменьшаются, но все равно покрывают всю поверхность белка. Причиной этому служит то, что белок мембранный, и само собой будет практически весь гидрофобным.

ДНК-связывающий белок

В качестве примера ДНК-связывающего белка был выбран белок 2VW9, которйы связывает одноцепочечную ДНК. Гидрофобные кластеры представлены на рис. 2.

4.5, less 3

Рис. 2. Гидрофобные кластеры для 2VW9.

Видно, что участки белка формирует гидрофобное ядро для взаимодействия с ДНК.