Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков
Мне было дано пространственное наложение структур двух белков (запись PDB*), а также последовательности этих белков в
fasta формате (9, 10).
В программе GeneDoc я построил выравнивание аминокислотных последовательностей (файл msf, рис.3), соответствующее данному пространственному
наложению структура, которая изображена на рис.1, 2, полученные при помощи программы rasmol(script_1.spt,_2.spt).
Рис.1. Наложение структур (остовная модель,
"цепь" А (10.fasta) — красная, "цепь" Б (9.fasta) — синия;
CA-атомы совмещенной области — шарики)
Рис.2. Наложение структур (ленточная модель,
"цепь" А (10.fasta) — красная, "цепь" Б (9.fasta) — синия;
зеленная область - это область удачного совмещения (критерий - расcтояние ≤ 2.0 Å).
Рис.3. Выравнивание по пространственному наложению структур.
Красным обозначены фрагменты удачного совмещения (критерий - расcтояние ≤ 2.0 Å).
Выравнивание этих же последовательностей, но полученное при помощи программы needle
При помощи программы needle получил глобальное выравнивание. (файл msf, Рис. 4.)
Рис.4. Выравнивание, полученное при помощи программы needle. Красным обозначены фрагменты которые совпадают с построеным мной выравниванием по пространственному наложению структур.
Если говорить о качестве автоматического выравнивания, то меня удивило то, что оно почти полностью совпало с построенным мной
вручную, за исключением последней трети, где needle не смог выравнить похожие с биологической точки зрения участки последовательности.