include ("../../inc/apss.inc"); ?>
"Исследование структуры тРНК"
В файле приведены координаты атомов следующих молекул(молекула/кол-во):
Для исследования была выбрана
цепь B, представляющая аргинил-тРНК со следующей последовательностью:
[901] 5' - UUCCUCGUGG CCCAAUGGUC ACGGCGUCUG GCUICGAACC AGAAGAUUCC AGGUUCAAGU CCUGGCGGGG AAGCCA - 3' [976]
С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (1f7u_old.out). В соответствии с полученными данными:
На Рис.1: Вторичная структура аргинин тРНК из SACCHAROMYCES CEREVISIAE
акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжево-желтый.
Скрипт для получения изображения: script(arg-tRNA).spt |
На Рис.3: антикодон (UIC, где I - модфц. гуанин) в антикодоновой петле показан в шарнирной модели.
Скрипт для получения изображения: script(arg-tRNA).spt |
Участок структуры |
Позиции в структуре по результатам find_pair |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель | 901-907, 966-972 | 2-7, 66-71 (усл) | 1-5, 68-72 |
D-стебель | 910-913, 922, 925 | 0 | 6-12, 17-23 |
T-стебель | 949-953, 961-965 | 49-53, 61-65 (усл) | 49-53, 61-65 |
Антикодоновый стебель | 939-943, 927-931 | 39-43, 27-31 (усл) | 27-31, 39-43 |
Общее число канонических пар нуклеотидов |
21 | 16 | 22 |
Программа einverted находила стебли только при разных условиях. Для D стебля я так и не смог подобрать. Лучше всего, на мой взгляд, справилась, конечно же, программа find_pair, потом программа mfold, которая более менее помогла определить вторичную структуру тРНК.