Pfam

  1. Исследование доменной структуры белка CLPB_ECOLI

    1. Описание доменной структуры белка по данным Pfam

      2. Доменная структура белка CLPB_Ecoli по данным Pfam
      Cхема из Pfam:
      Пояснения к схеме
      № Pfam AC Pfam ID Полное название семейства домена Положение в
      последова-
      тельности белка
      ClpB_Ecoli      		 Клан
      1. PF02861 Clp_N Clp амино-терминальный домен. Возможно, является сайтом присоединения белков. 17-69,
      94-145
      2. PF00004 AAA Семейство ААА выполняет шапероно-подобные функции, т.е. участвует в сборке, поддержании и разборки белковых комплексов. 202-341,
      596-760      		 Это семейство относится к клану AAA (CL0023), который содержит 142 семейства.
      2. PF07724 AAA_2 Эта Pfam запись включает в себя некоторые белки AAA, не обнаруживающиеся в модели PF00004(Предыдущий домен). 202-341,
      596-760      		 Это семейство также относится к клану AAA (CL0023), который содержит 142 семейства.
      3. PF10431 ClpB_D2-small D2 малый домен имеет важное значение для процессов олигомеризации, образуя плотное взаимодействие с D2 большым доменом соседних субединиц, обеспечивая тем самым достаточно энергии для стабилизации функционального сбора. 766-854

    2. Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка: Clp_N.msf

    3. Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД

      4. По идентификатору UniProt белка было найдено описание 23 подписей, из них 9 интегрированны в InterPro.
      Cреди всех подписей наиболее отличается от подписей PFAM:

      БД: TIGR (CMR: Comprehensive Microbial Resourse; TIGR)
      InterPro ID: IPR017730
      Подпись была выбрана, т.к. покрывает весь белок.

    4. Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белка


      На изображении выделен домен ААА (PF00004)
      Домен Pfam AAA (202-341) соответствует структурному домену (FT NP_BIND 206 213 ATP 1.)
      Он полностью покрывает этот домен, при этом он выходит за его рамки.

  2. Исследование эволюции отдельных доменов

    1. Как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка



      2. Белки с доменом ААА встречаются 1576 видах.

      Представленность домена PF00004 в организмах разных видов
      Таксон
      Количество белков с доменом PF00004
      Эукариоты Зеленые растения 1970
      Грибы 2545
      Животные 2000
      Остальные эукариоты 1489
      Бактерии 13863
      Археи 705

      Данный домен достаточно распрастранен среди организмов, таксон бактерий содержит наибольшее количество белков с данным доменом.

    2. Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

      3. Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia coli (strain K12)

      № PFAM ID Количество белков в Escherichia coli (strain K12)
      1. AAA (PF00004) 7
      2. Clp_N (PF02861) 2
      3. AAA_2 (PF07724) 4
      4. ClpB_D2-small (PF10431) 4

      Нашелся только один белок с похожей доменой структурой - это CLPA_ECOLI.

    3. Доменные перестройки

      • Домен PF02861(Clp_N) встречается как в одиночном состоянии, так и в виде дублекса на N-конце последовательности.

      • Домены PF00004(ААА) и PF07724 (ААА_2) встречаются как в одиночном состоянии, так и вместе. Домен ААА на N-конце, а ААА_2 на C-конце последовательности.

        CLPB_ECOLI:         
        RARA_ECOLI:      
        CLPX_ECOLI:

      • Домен PF10431(ClpB_D2-small) встречается на C-конце последовательности.
        CLPB_ECOLI: