Визуализация молекул в JMol
Здесь вы можете видеть структуру белка 5JVI. Это термолизин в комплексе с JC148 (гидролаза, выделенная из Bacillus thermoproteolyticus).
Нажмите resume, чтобы сменить изображение, start script, чтобы перезапустить скрипт (сначала скрипт запускается автоматически).
Посмотреть скрипт
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-H-O (°) |
| Альфа-спирали |
| N(306VAL) - O(302GLU) | 3.05 | 161.4 |
| N(319PHE) - O(306VAL) | 3.11 | 168.0 |
| N(312ALA) - O(308GLN) | 2.84 | 151.2 |
| Бета-листы |
| N(4THR) - O(24TYR) | 3.11 | 155.7 |
| N(6THR) - O(22THR) | 2.86 | 168.1 |
| N(18LYS) - O(10GLY) | 2.91 | 154.3 |
Вывод
Средний угол водородной связи в альфа-спиралях: 160.2
Средний угол водородной связи в бета-листах: 159.4
Средний угол водородной связи в целом: 159.8
Средняя длина водородной связи в альфа-спирали: 3
Средняя длина водородной связи с бета-листах: 2.96
Седняя длина водородной связи в целом: 2.98
Полученные значения вполне соответствуют ожидаемым в соответствии с литературой.
Литература
Arunan E. et al, Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011)