Мы выполнили команды:
fseqboot evolution.fasta -test j -auto
fdnaml evolution.fseqboot -ttratio 1 -auto
fconsense evolution.fseqboot
В результате получили консенсусное дерево:
+--------------------E
|
+100.0-| +------A
| | +100.0-|
| +100.0-| +------B
+------| |
| | +-------------F
| |
| +---------------------------D
|
+----------------------------------C
Здесь ветви также совпадают с реальным и даже встречаются во всех ста случаях, по топологии данное дерево совпадает с реальным
Мы выполнили команду:
fretree 6 evolution.treefile, где 6 - число мутантных последовательностей, а на вход программе был подан файл со скобочной формулой дерева, сконструированного программой fneighbor
На экране появились дерво и предложение ввести одну из однобуквенных команд. Нам необходимо было укоренить дерево в среднюю точку, поэтому мы ввели M - midpoint root the tree. Необходимо было затем ввести команду W, чтобы скобочная формула такого дерева была записана в файл.
Для построения филограммы мы выполнили команду:
fdrawgram -style -p ev.treefile, где на вход мы подали файл со скобочной формулой переукорененного с помощью программы fretree дерева, -style p - тип дерева, в нашем случае филограмма, то есть ветви изображаются квадратными. Полученный файл был сохранен в формате ps, а затем - GIF. Полученное изображение переукорененного дерева:
 |
Данная программа восстанавливает методом максимального правдоподобия общую предковую последовательнсть для всех мутированных последовательностей и предковые последовательности в узлах дерева. Была выполнена команда:
fdnamlk evolution.fasta -ttratio 1 -hypstate y -auto, где на вход был подан файл с мутированными последовательностями, -hypstate - выдает последовательности гипотетических предков (y - yes). Полученный файл с выравниванием мутантных и предковых последовательностей здесь
В выравнивании можно увидеть консенсусные обозначения нуклеотидов (r,y,m,k,s,w).
Файл с выравниванием истинной последовательности гена carB и последовательности, предсказанной программой fdnamlk, находится здесь.
Процент идентичности данных последовательности, как мы узнаем из Statistics report программы GeneDoc, - 53%. В целом, немного, но необходимо учитывать, что в последовательности, предсказанной программой fdnamlk, использовались консенсусные обозначения нуклеотидов, поэтому процент идентичности может быть и выше.