BLAST

Второй семестр Главный сайт

Задание 1

В BLAST была загружена последовательность моего белка, 
и алгоритм был запущен с такими параметрами. Из
14611 находок было взято три - лучшая, худшая и из середины.

Данные о найденных белках.
Белок	Длина выравнивания	Bit score	Идентичных	Функционально сходных	E-value
НАД-дегидрогеназа (худший)	54	38.5	22(41%)	33(61%)	10.0
ФАД-зависимая оксидредуктаза ("средний")	485	169	162(33%)	232(47%)	2e-42
Глицерол-3-фосфат дегидрогеназа (лучший)	501	780	400(80%)	438(87%)	0.0

Выравнивание с НАД-дегидрогеназой.

Выравнивание с ФАД-зависимая оксидредуктазой.

Выравнивание с глицерол-3-фосфат дегидрогеназой.

Всего было найдено 11266 гомологичных последовательностей (E-value > 0.001, покрытие больше 70%). Ниже представленны 100
из них в графическом представлении.

Задание 2

Был проведен новый поиск, в котором остались только альфа-протеобактерии. Результатов оказалось всего лишь 2544.
В процессе сравнения результатов обнаружилось, что некоторые белки попали в результат несколько раз, причем полученные выравнивания сильно
отличаются в перделах даже одного поиска. Для сравнения поисков был выбран белок, встречающийся однократно в каждом поиске -
N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase [Rhizobium sp. JGI 0001002-C21]. Отличается только E-value - 2.1 в общем поиске
против 0.16 в поиске по альфа-протеобактериям.
Для другого белка (putative glycerol-3-phosphate dehydrogenase [Sphingobium japonicum]) E-value в общем поиске составил 1e-06, а в поиске
по альфа-протеобактериям - 9e-08. Уменьшение E-value связано с тем, что белков альфа-протеобактерий сильно меньше, а с уменьшением базы данных
падает и E-value (легче найти последовательность с большим счетом в миллионе случайных, чем в тысяче).

Задание 3


Для этого поиска 
была построена карта локального сходства. На ней отображены все элементы соответствующего выравнивания.

Задание 4

На основе выравнивания была построена база данных, с которой был сравнен белок.
Лучшая находка имеет bit score равный 20.4, E-value = 0.89, 38% совпадений и 58% сходств. О гомологии я бы не стал говорить, так как покрытие 
составляет всего 7.5%.

Сайт находится в стадии разработки