PSI BLAST

Второй семестр Главный сайт

Задание 1

В PSI-BLAST была загружена последовательность моего белка, 
и алгоритм был запущен с такими параметрами.
Было проведено 7 итераций, результат не стабилизировался. Результаты итераций представлены в таблице.

Задание 2

Из полученного массива было случайно отобрано 122 последовательностей. Командой  "muscle -in 80prot.fasta -out mus80.fasta" было 
построено их выравнивание.
Так как JalView не смог работать с таким выравниванием из-за его размера, ссылка на выравнивание отдельно тут.

Задание 4

При помоши опции Remove Redundancy в JalView было получено 17 наиболее отличающихся последовательностей, затем 4 из 
них были убраны из-за недостаточного покрытия исходной. Командой muscle было сделано выравнивание оставшихся 13 послeдовательностей.

Задание 5


Второе выравнивание тех же последовательностей было сделано командой mafft.

Задание 6

Совокупность выравниваний получилось плохой, как и сами выравнивания. Только попадающиеся местами невертикальные, но длинные
блоки дают понять, что белки родственны. Ниже представлено одно из лучших мест выравнивания.

Сайт находится в стадии разработки