Белковые домены

Второй семестр Главный сайт

Задание 1

В Pfam была загружена последовательность моего белка.
Было найдено единственное семейство DAO (PF01266). В проект было помещено семя (seed) этого семейства.

 В нем был взят один из почти строгих блоков (строгих не нашлось).

Задание 2

При помощи программы cons на сервере emboss была построена консенсусная последовательность одного "блока" (посмотреть на него можно в Jalview).
Консенсус: GxGGIxG
При помощи этого сервиса было построено LOGO.

Задание 4


Сильный паттерн получился таким: G-[GAS]-G-x-x-[GS]
Этот сервис выдал 15906 находок в базе данных SwissProt.
Слабый паттерн (были включены другие маленькие аминокислоты к G и A) получился таким: G-[GASC]-[GA]-x-x-[GASC]
Он оказался слишком простым и популярным, программа нашла 2057 совпадений в 5000 белков, что вдвое больше дозволенного.

Задание 2.2

Для более внятных результатов имеющийся блок был расширен до нового "блока".

При помощи программы cons на сервере emboss была построена консенсусная последовательность этого нового "блока" .
Консенсус: VIGxGGIxGLSxA
При помощи этого сервиса было построено LOGO.

Задание 4.2


Сильный паттерн получился таким: [VI]-[IVL]-G-[GAS]-G-x-x-[GS]-x-x-x-A
Этот сервис выдал 3820 находок в базе данных SwissProt.
Слабый паттерн (были включены другие маленькие аминокислоты к G и A, другие неполярные к неполярным) получился таким: 
[IVLA]-[IVLA]-G-[GASC]-[GA]-x-x-[GASC]-x-x-x-[AVLI]
Нашлось 12553 последовательности с таким  паттерном. Как и следовало ожидать, ослабление паттерна привело к резкому 
росту числа находок.

Сайт находится в стадии разработки