Поиск в базах данных

Тема 1. Белки, содержащие селеноцистеин

Упражнения.

UniProt 

Определите код РЕФЕРЕНСНОГО протеома бактерии Brucella abortus.
	Ответ: UP000002719
Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus.
	Ответ: 15.
Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein).
	Ответ: 14. 
Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus.
	Ответ: 19.

PubMed

Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans". 
	Ответ: Запрос - "Trans-splicing and operons in C. elegans" (просто в поисковое окно) - 1 находка. PMID: 23175478
Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа. 
	Таблица статей

PDB

Получите список структур БАКТЕРИАЛЬНЫХ белков из систем секреции типа IV (type IV secretion system).
	Не сделано  

 Два запроса - ""non std" selenocysteine AND reviewed:yes" и "annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes"
дали одинаковое число записей - 254. Я принял это за результат. Таблица показывает результаты запроса 
"annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes".
Запрос в PDB: Chemical ID - "sec", Polymeric type - "Any". Всего имеется 34 структуры.
Запрос в PubMed: "(selenocysteine) AND codon AND encoded not tRNA" (отсечены статьи о тРНК селеноцистеина и о кодонах, не кодирующих селеноцистеин).

Из-за разности трактовки понятия "царство" и далеко не полной исследованности живого мира
я просто перечислю таксоны, у которых найден селеноцистеин в белках. Это вирусы (1 белок), эубактерии, археи,
простейшие (3 организма из таксонов Hacrobia, Amoebozoa и Archaeplastida), а все остальные белки принадлежат 
двусторонне-симметричным (видимо в силу большей их исследованности).
Селеноцистеин закодирован кодоном UGA (обычно это стоп-кодон). Эта замена достигается совместным влиянием
2-х белков (SECIS binding protein и eEFSec [1]) и вторичной структурой мРНК.
Белки с селеноцистеином называются "selenoproteins" (основной перевод на русский - "Селенопротеины").

					

 [1]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4269102/ 

Сайт находится в стадии разработки