Выравнивание и гомология

Второй семестр Главный сайт

Задание 1

Полученное выравнивание (ссылка) было отсортированно по дереву и 
раскрашенно при помощи BLOSUM62 с порогом консервативноcти 30 и ClustalX.

Раскраска при помощи BLOSUM62 с порогом консервативноcти 30.

Раскраска при помощи ClustalX.

Дерево.

Задание 2

Было найдено несколько блоков, 2 из них формируют кластер.

Блоки.

К сожалению, разительно схожих между собой последовательностей найдено не было,
но при тщательном рассмотрении можно кое-что найти.

Выделенные последовательности гомологичны между собой на всем протяжении черной линии, о других такого сказать нельзя.

Задание 3

Результаты подсчета консервативных позиций в одном из блоков.

Рассматриваемый блок.

Статистика по консервативным столбцам
Тип столбца	Количество
Абсолютно консервативный	0, 0%
Абсолютно функционально консервативный	10, 62%
Консервативный на 70%	1, 6%
Функционально консервативный на 70%	13, 81%
Всего	16

Так же был рассмотрен самый большой разрыв между блоками.

Рассматриваемый участок

Статистика по гэпам
Данные	Величина
Всего столбцов	32
Из них столбцов с гэпами	15, 47%

Задание 4

К выравниванию была добавлена последовательность CALS8 (ссылка),
и проведено ее ручное "встраивание" в выравнивание.

Результат, новая последовательность - нижняя.

Задание 5

К выравниванию была добавлена негомологичная последовательность YP_001417705.1(ссылка),
и после ее обрезания до длинны выравнивания было проведено ее ручное "встраивание" в выравнивание.

Видно, что в правом блоке (149-164) удалось достигнуть совпадения с 5 из 9 функционально консервативных столбцов.

Задание 6

 Затем при помощи алгоритма Muscle было проведено выравнивание негомологичных белков (PDB: 3VMF;1ML4;3ICP;2PMD;3GBR)

Было найдено три "полублока", между тремя нижними последовательностями

Сайт находится в стадии разработки