Предсказание парных выравниваний
Задания 1-3
При помощи метода главных компонент были найдены наиболее несхожие последовательности.
Затем они были выделены из выравнивания с удалением пустых колонок
Задание 4
Затем последовательности были выровнены 4 раза при помощи программ needle и water. 2 выравнивания были сделаны со стандартными настройками, одно - программой needle с вдвое уменьшенным (до 5) штрафом за открытие гэпа, еще одно - программой water с убранным штрафом за продолжение гэпа.
Задание 5
Затем программами needle и water при стандартных настройках было проведено выравнивание первой последовательности из используемых в этом практикуме (ENTFO) и обрезанной до 331 аминокислотнго остатка последовательности моего белка (YP_001417705.1).
Задание 7
К сожалению оказалось, что лишь одно сравнение имеет смысл. На нем видно, как уменшенная цена открытия гэпа позволила программе вставить еще один гэп и таким образом выровнять еще одну колонку (A). Исходное выравнивание сверху, полученное программой needle с штрафом за открытие гэпа равным 5 - снизу. Координаты участка с различиями: 224-227 Различающихся колонок в исходном: 42 Различающихся колонок в полученном: 41
Задание 8
Данные о выравниваниях были сведены в таблицу. О выравниваниях гомологичных последовательностей сказать почти нечего - они оказались на удивление схожи. Даже обнуление штрафа за продолжение не изменило выравнвание. Различие наблюдается только при уменьшении вдвое штрафа за открытие гэпа, это позволило программе needle вставить еще один гэп. Локальное выравнивание негомологичных последовательностей выровняло лишь мылый их кусок, что неудивительно. Глобальное же честно выровняло все последовательности, добавив огромное количество "черточек", хотя гэпов всего три. В целом парное выравнивание ожидаемо лучше множественного - по множнственному нелегко догадаться, насколько схожи эти последовательности.
Сайт находится в стадии разработки
© 2014 Рюмин Константин