Поиск генов прокариот.

Третий семестр Главный сайт

Задание 1

Был взят геном фага лямбда и прогнан через cервис RAST.
Геном фага лямбда
AC: NC_001416
Была получена таблица генов (лист 2 в таблице), а затем
проведено сравнение данных GeneBank и этой таблицы.
Число генов в GenBank: 88
Число генов в RAST: 64
Число одинаково аннотированных генов - совпадают и старт, и стоп-кодоны: 48
Число генов с одинаковым стоп-кодоном, но разными старт-кодонами: 8
Число генов, аннотированных RAST, и не аннотированных в записи GenBank: 4

Разность аннтоаций 1. Нет описания от GenBank.

GeneBank 37227 37940 -
RAST Phage repressor 37227 37940 -

RAST прав. Похоже на репрессор.

Разность аннтоаций 2. Нет описания от GenBank (похоже, что при имеющихся описаниях они совпадают).

GeneBank hypothetical protein 31005 31196 -
RAST Recombinational DNA repair protein RecT (prophage associated) 31005 31196 -

Странная ситуация. С одной стороны RAST дал на редкость точный ответ (указал конкретный белок).
С другой стороны никаких подтверждений blastp не дает.

Разность аннтоаций 3. Нет описания от GenBank (других случаев не нашел).

GeneBank 31348 32028 -
RAST Phage exonuclease (EC 3.1.11.3); Putative phage-encoded enzyme involved in integration-recombination 31348 32028 -

RAST полностью прав. Это и есть экзонуклеаза из фага лямбда.

Сайт находится в стадии разработки