Сборка de novo.

Задание 1

Для этого задания я взял 14-ю хромосому и ее прочтения.
Оттриммереные прочтения были преобразованы в к-меры длины 31:

velveth chr14wh 31 -fastq chr14trimmed.fastq

И из них были собраны контиги:

velvetg chr14wh

В сборке оказалось 435 контигов максимальной длины 736, N50 - 228, суммарно 34547 п.н.

   Задание 2 
      

Затем из 14-й хромосомы была создана база:

makeblastdb -in chr14.fasta -dbtype nucl


На которую при помощт blastn были выровнены контиги
blastn -query contigs.fa -db chr14.fasta -outfmt 6 -out table

Полученная таблица  

В таблице на листе "одиночные" отсеяны контиги, которые выровнялись с несколькими участками.
Распределение контигов по кол-ву выравниваний:

Контигов		Выравниваний
260			1
7			2
1			3
2			4
По 1 или 0		>4

В том числе нашлось 5 контигов, выровненных с 7419,7128,4930,3747 и 2715 участками соответственно.
Самый распространенный контиг оказался невесть чем, скорее всего псевдогеном. Однако сходство между
двумя столь разными по описанию белками, как первый и второй в выдаче удивляет.

Сайт находится в стадии разработки