A,B,Z формы ДНК.

Третий семестр Главный сайт 




   Задание 1 

	
А-форма(5 раз повторенная gatc)
B-форма
Z-форма(10 раз повторенная gc)


Сахарофосфатный остов

Сахарофосфатный остов и азотистые основания (зеленый)

То же, аденозин покрашен красным.

То же, N7  в гуанинах покрашен синим.



Данные мне структуры:
1h3e   - тРНК 
1pp7   - ДНК


   Задание 2 упр. 3 


В тРНК было обнаружено 2 разрыва (исключая разрыв между началом и концом)

Вокруг них показаны отдельные нуклеотиды.

В ДНК разрывов не было




   Задание 3  

Мне достался тимин.
Вот как он выглядит в B-форме ДНК.



Как это выглядит на формулe тимина:

В сторону большoй бороздки направлены: С4, О4, С5, С5М
В сторону малой бороздки направлены: N1, C2, O2
Остальные: C6, N3

В A-форме аналогично.
В Z-форме нет тимина.

Затем были измерены характеристики форм:


  
  

  
 A-форма 

  
 B-форма 

  
 Z-форма 




  
 Тип спирали (правая или левая) 

  
 Правая 

  
 Правая 

  
 Левая 




  
 Шаг спирали (Å) 

  
 28.03 

  
 33.75 

  
 43.50 




  
 Число оснований на виток 

  
 11 

  
 10 

  
 12 




  
 Ширина большой бороздки 

  
 17.0 ([G]25:B.P - [A]10:A.P)

  
 17.2 ([A]26:B.P - [C]12:A.P) 

  
 22.0 ([C]14:B.P - [C]4:A.P) 




  
 Ширина малой бороздки 

  
 8.0  

  
 11.7  

  
 7.2  







Затем было проведено измерение торсионных углов тимидина:
	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
A-форма	64.1	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
B-форма	85.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0

Угол zeta-В сильно отличатся от лекцонного. Углы delta, zeta и chi сильно различаются между формами.
Это связано с конфигурацией рибозы (С2-экзо в А-форме, С2-эндо в В)


   Задание 4. Пакет 3DNA  

Для начала .pdb файлы были переформатированы командой remidiator.
Затем полученные файлы анализировались командой
find_pair -t *_old.pdb stdout | analyze 

Торсионные углы


Торсионные углы в А-форме.


Торсионые углы РНК.






    
		alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
A-форма		-51.7	174.8	-74.8	-161.8	-147.8 	-75.2 	-157
B-форма		-30	136.3	-88.1 	-92.8	-140.8 	-160.5	-98
тРНК		-30.1	10.0	63.2	90.5	-111.1	-51.7	-135.1

Наверное тРНК больше похожа на А-форму

Данные по данным ДНК и тРНК:

			alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
ДНК			-58.3	-7.7	64.3	135.7	-150.6	-90.2	-111.0
Отклонение (C5)		-97.5	71.0	178.3	125.3	-149.8	-68.0	-171.3
тРНК			-30.1	10.0	63.2	90.5	-111.1	-51.7	-135.1
Отклонение (G11)	147.0	-164.9	177.8	84.4	-139.9	-70.6	-174.3


Водородные связи. Данные взяты из RNA-old.out

Пары оснований:

Обозначения (столбец Helix)
|  - стебель
x - пара, на которой меняется спираль
+ - отдельная пара нуклеотидов
            Strand I                    Strand II          Helix
   1   (0.004) B:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:B (0.003)     |
   2   (0.007) B:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:B (0.005)     |
   3   (0.004) B:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:B (0.004)     |
   4   (0.003) B:...4_:[..C]C-----G[..G]:..69_:B (0.012)     |
   5   (0.004) B:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:B (0.005)     |
   6   (0.005) B:...6_:[..G]G-----C[..C]:..67_:B (0.006)     |
   7   (0.007) B:...7_:[..G]Gx----C[..C]:..66_:B (0.003)     |

   8   (0.003) B:..49_:[..G]G-----C[..C]:..65_:B (0.006)     |
   9   (0.009) B:..50_:[..C]C-----G[..G]:..64_:B (0.006)     |
  10   (0.003) B:..51_:[..U]U-----A[..A]:..63_:B (0.007)     |
  11   (0.003) B:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:B (0.004)     |
  12   (0.010) B:..53_:[..G]Gx---xC[..C]:..61_:B (0.005)     |
 
  13   (0.045) B:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:B (0.004)     x

  14   (0.005) B:..47E:[..G]G-----C[..C]:..47_:B (0.006)     |
  15   (0.004) B:..47F:[..C]C-----G[..G]:..46_:B (0.006)     |
  16   (0.002) B:..47G:[..C]C----xG[..G]:..45_:B (0.010)     |
  17   (0.009) B:..47H:[..U]U-*---A[..A]:..20B:B (0.015)     |
  18   (0.008) B:..47I:[..U]U-*--xA[..A]:..21_:B (0.008)     |

  19   (0.006) B:..48_:[..C]Cx**+xG[..G]:..15_:B (0.008)     x

  20   (0.005) B:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:B (0.005)     +

  26   (0.007) B:..26_:[..G]G-*---U[..U]:..44_:B (0.011)     |
  27   (0.008) B:..27_:[..A]A-----U[..U]:..43_:B (0.007)     |
  28   (0.007) B:..28_:[..C]C-----G[..G]:..42_:B (0.008)     |
  29   (0.007) B:..29_:[..G]G-----C[..C]:..41_:B (0.006)     |
  30   (0.009) B:..30_:[..G]G-----C[..C]:..40_:B (0.003)     |
  31   (0.007) B:..31_:[..U]U----xA[..A]:..39_:B (0.006)     |
  32   (0.004) B:..32_:[..C]C-*---A[..A]:..37_:B (0.010)     |
  33   (0.007) B:..33_:[..U]Ux*--xA[..A]:..36_:B (0.009)     x

  34   (0.011) B:..47A:[..G]G-**--U[..U]:..47B:B (0.004)     +

Есть несколько неканонических пар. Например 55Псевдоуридин-18Гуанин или 44Уридин-26Гуанин.
Есть 4 водородных связи вне стебля.


Стекинг-взаимодействие. 

Таблица. Красным квадратом обозначено максимально перекрывание.

Полученное командами
ex_str -8 stacking.pdb step3.pdb
stack2img -cdolt step3.pdb step3.ps
изображение:

Сайт находится в стадии разработки

© 2014 Рюмин Константин