ДНК-Белок.

Задание 1. Структура тРНК

При помощи команды
einverted rna.fasta
с параметрами
Gap penalty [12]: 10
Minimum score threshold [50]: 30
Match score [3]: 6
Mismatch score [-4]: -4
была получена структура тРНК
Последовательность тРНК 
C худшими параметрами на выход ничего не поступало.

SEQUENCE: Score 60: 18/30 ( 60%) matches, 0 gaps
       1 gggcaggttcccgagcggccaaaggggacg 30      
         |||| || | |  | | || || |   |||
      77 cccgacctaagcttggtcgcttccgtatgc 48     
 

Затем при помощи сервиса RNAfold web server построением по минимальной свободной жнергии была получена следующая структура:

1      GGGCAGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGGACGGUCUGUAAAACCGUUGGCGUAUGCCUUCGCUGGUUCGAAUCCAGCCCUGCCCACCA
1      (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))...(((((.......))))))))))))....



Участок структуры	 	find_pair	einverted	алгоритм Зукера
Акцепторный стебель		1-7:66-72	1-4:74-77	1-7:76-82
D-стебель			10-12:23-25	-		10-12:24-26
T-стебель			49-53:61-65	-		44-46:49-51
Антикодоновый стебель		26-33:36-44	-		27-32:38-43
Общее число канонических 	29		18		24
пар нуклеотидов

   Задание 2. ДНК-белковые контакты 

Статистика по контактам белка с тРНК.

Контакты атомов белка с						Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы					3		16		19
остатками фосфорной кислоты					9		0		9
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2		2		4
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки		2		1		3


Затем с помощью программой nucplot была получена иллюстрация:


Единственный остаток, имеющий 2 непосредственных контакта - Asn81. Еще два остатка имеют две связи через воду.
По картинке видно, что он занимает очень важное положение - он лежит близко к основаниям в большой бороздке

Сайт находится в стадии разработки