Банки нуклеотидных последовательностей. Батыр

Третий семестр Главный сайт

Задание 1

Для рассмотрения я взял дрозофилу обыкновенную Drosophila melanogaster. В базе данных NCBI/Genome было найдено 4 сборки 
(и одна сборка митохондриального генома), из которых лишь одна была хромосомного масштаба. Всего в базе данных значится 11 работ по 
секвенированию генома дрозофилы, включая митохондриальный. Использовалась сборка ASM77845v1. Образцом для нее был эмбрион 
дрозофилы линии iso-1.

Таблица 1. Информация о сборке ASM77845v1.
GenBank assembly accession	GCA_000778455.1
Общая длина последовательности	164,080,454
Число контигов	789
N50 для контигов	13,636,574
L50 для контигов	4
Общее число хромосом и плазмид	8


   Данные о образце: 


Скэффолдов всего 789, т.к. сборка на уровне контигов, и каждый контиг - скэффолд.

Таблица контигов
Cамый длинный контиг - 25,793,534, самый короткий - 8,169
Один из контигов (JSAE01000459)




   Задание 2. Митохондриальный геном мха Climacium americanum 

Запрос был сформулирован так: "Climacium americanum"[Organism] AND mitochondrion[filter]  . 
Результатом стало 2 записи одного и того же проекта, одна в NCBI RefSeq, другая в GenBank.
Данные по генам:

Список генов, отсортированный по началу в геноме по убыванию   



   Задание 3. 


Ключ (Feature Key ) Описание Пример
STS sequence tagged site; короткая неповторяющаяся последовательность, используемая для картирования генома 
                      STS             1905..2059
                     
/gene="Mapk10"
                     
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2;
                     p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"
                     
/db_xref="UniSTS:224677"
                      
polyA_site Область гена, которая во время процессинга РНК полиаденилируется. 2792
                     
/gene="Mapk10"
                     
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2;
                     p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"
regulatory Любая последовательность, участвующая в регуляции транскрипции или трансляции 2757..2762
                     
/regulatory_class="polyA_signal_sequence"
                     
/gene="Mapk10"
                     
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2;
                     p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"                     

misc_feature Отстутствующий в каталоге феномен. Редкость или нечто новое. 540..542
                     
/gene="Mapk10"
                     
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2;
                     p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"
                     
/note="upstream in-frame stop codon"
exon Экзон. Кодирующий участок. 561..632
                     
/gene="Mapk10"
                     
/gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2;
                     p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2"
                    
 /inference="alignment:Splign:1.39.8"

misc_binding Область в геноме, c которой связываются не праймеры и не белки (для них отдельные обозначения). 2246811..2247004
                     
/note="cobalamin riboswitch; Derived by automated
                     computational analysis using gene prediction method:
                     cmsearch."
                     
/bound_moiety="adenosylcobalamin"

modified_base Модифицированное основание
complement(6658)
                     
/note="modified D-C residue"
                     
/mod_base=OTHER
ncRNA Ген, кодирующий РНК, неявляющуюся мРНК, тРНК или рРНК complement(33881..34221)
                     
/ncRNA_class="RNase_P_RNA"
                     
/locus_tag="ASL20_RS18900"
                     
/product="bacterial RNase P"
                     
/note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: cmsearch."
rep_origin Место, где начинается репликация. complement(3548..4148)
                     
/note="colE1 ori"
                     
/direction=LEFT

=======================================================

Сайт находится в стадии разработки