Четвертый семестр
Главный сайт
|
Задание 1. Построение выравнивания представителей домена Pfam белков с разной доменной архитектурой.
=======
Для выполнения задания был использован домен Piwi (PF02171), играющий большую роль в процессе РНК-интерференции.
Было выбрано две архитектуры:
Piwi - далее архитектура 1.
PAZ, Piwi - далее архитектура 2.
Скачанные белки с доменом Piwi
Затем были выбраны таксон Eukaryota и подтаксоны Metazoa и Viridiplantae (в обозначениях me и vi соответственно).
Сводная таблица архитектур (лист "Сводная таблица")
Далее были выбраны нужные белки (по 15+ из каждого подтаксона и архитектуры).
Некоторые пришлось вырезать из-за плохой выровненности с остальными.
Отобранные белки нужных таксонов и доменных структур
Задание 2. Построение филогенетического дерева
Затем было построено дерево этих последовательностей при помощи метода Neighbor-Joining.
Скобочная формула (без длин ветвей)
Видно, что разделения на явные клады не произошло. Достаточно хорошо обособились лишь подтаксоны (в красной рамке в основном
зеленые растения (Viridiplantae), в синей и зеленой - животные(Metazoa)). Кроме того достаточно хорошо обособленна группа
1_me в зеленой рамке. Она и будет использоваться как семейство для следующего задания.
Задание 3. Построение профиля подсемейства
Для выбранного семейства (последовательности) был построен и откалиброван HMM-профиль (файл профиля).
По нему был проведен поиск (файл c результатом).
По полученым данным была построена ROC-кривая (чувствительность от специфичности).
Таблица с ROC-кривой (лист "Sheet 2")
Определенный порог E-value (выход кривой на плато) - 2.1e-129.
Полученная таблица:
Огромное количество ложных положительных ответов вероятно связано с тем, что подсемейство было небольшим относительно общего числа
последовательностей. В добавок к этому домен Piwi высококонсервативен. Так что профиль нельзя использовать для выделения подсемейства.
==============================================================================================================================================
|