Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям

Задание 1

Для данных бактерий было построено дерево по последовательностям 16S рРНК, 
взятых из базы данных NCBI(расширение файла .frn) 
Полученное выравнивание (Muscle с настройками по умолчанию)
Полученное дерево (метод максимального сходства):

Полученное в практикуме 3 дерево (метод максимальной экономии с внешней группой	Bacillus subtilis, BACSU):

Полученное в практикуме 3 дерево (метод Neighbor Joining с укоренением в среднюю точку пакетом PHYLIP):

Истинное дерево:

Видно, что единственное различие дерева 16S рРНК и истинного - в ветви, соответствующей Burkholderia cenocepacia (BURCA).
Дерево из практикума 3, построенное методом максимальной экономии сильно отличается от обоих (положение групп PROMH, BURCA, PSEAE).
Дерево из практикума 3, построенное методом Neighbor Joining похоже на другое дерево из практикума 3.

   Задание 2. Поиск паралогов и ортологов 

Искались гомологи белка CLPX_ECOLI. Для этого протеомы бактерий были сведены в один файл командой
*.fasta >> db.fasta
из них была сделана база данных для локального BLASTа
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out db2.fasta
и проведен BLAST
blastp -query ecoli.fasta -evalue 0.001 -db db2.fasta -outfmt 6 -out output.fasta

Так было получено дерево этих белков (метод максимального сходства).

Красными звездочками обозначены дупликации генов. Остальные ветви возникли путем видообразования.
Черными линиями указаны паралоги - гены одного организма, имеющие общего предка.
Внутри групп, отмеченых зелеными линиями белки ортологичны друг другу (кроме одинаковых белков одного и того же вида) - 
они в разных видах, и разделились в процессе видообразования.

==============================================================================================================================================

Сайт находится в стадии разработки