Четвертый семестр
Главный сайт
|
Задание 1
Ниже представлена карта метаболизма инозитолфосфата, взятая из базы данных KEGG. Оранжевым цветом выделен фермент 3.1.3.57, катализирующий
реакцию в этом пути R03427. К этому ферменту относится два ортологических ряда белков: K15422 (65 белков) и K01107 (60 белков).
Метаболизм инозитолфосфата:
Затем последовательности белков были скачаны, идентификаторы приведены к виду Белок|ОртологическийРяд, белки выровнены программой Muscle.
Выравнивание
Выравнивание - Проект JalView
Выравнивание, очищенное от выделяющихся белков - Проект JalView
Всего было удалено 8 белков, которые оказались короткими и невыровненными в консервативных участках.
Таким образом было получено выравнивание гомологичных белков.
Затем программой MEGA методом Neighbor-Joining c 100 бутстреп-репликами было построено дерево белков.
Полученное дерево
Дерево распадается на клады, соответствующие ортологическим рядам, поддержка ветвей - 100. Длины некоторых ветвей заметно длинней обычной длины
ветвей, но соответствующие им белки неплохо выровнены.
==============================================================================================================================================
|