Мембранные белки

Задание 1

Информация о трансмембранных белках
	
					4dx5 цепь А						2jmm 

Название:				Multidrug efflux transporter AcrB			Transmembrane beta-barrel platform protein

Тощина 
гидрофобной части:			27.4 ± 0.7 A						23.9 ± 1.3 A		

Координаты трасмембранных		1( 9- 27), 2( 340- 361), 				1(7-15), 2(25-33),
спиралей:				3( 365- 386), 4( 394- 414), 				3(38-46), 4(56-65),
					5( 439- 458), 6( 470- 492), 				5(73-83), 6(105-114),
					7( 538- 557), 8( 873- 894),				7(124-132), 8(140-149)
 					9( 896- 919), 10( 927- 946),
 					11( 971- 991), 12(1003-1025)


Среднее количество остатков
в одной спирали/тяже:			~20							~9

В какой мембране:			Внутренняя мембрана грамотрицательных бактерий		Не определено





Был взят белок ACRB_ECOLI (UniProt AC - P31224), структура 4dx5 (цепь A). 
Затем при помощи 3d-структуры было проведен поиск мембранных альфа-спиралей. Они были отмечены буквой M в строке аннотаций TM_REAL. 
Белок имеет ярко выраженную мембранную и немембранную части, мембранные альфа-спирали состоят из гидрофобных остатков, из найденых 
12 спиралей 9 были высоко консервативны (функционально).
При помощи программы TMHMM было получено предсказание мембранных альфа-спиралей для белка P31224 (строка TM_PREDICTED). В нем было 
на одну спираль меньше, эта спираль лежит по большей части внутри белка, и вероятно по этому программа не причислила ее к мембранным. 
Остальные спирали почти совпадают.
Проект JalView


Также была использована программа Phobius. Она успешно нашла все 12 спиралейю




Структура 4dx5 была раскрашена по гидрофобности	(красные остатки - гидрофобные, синие - гидрофильные) с порогом 10% (белые остатки - 
подпороговые) (P-сторона снизу, Н-сторона сверху). 

База данных Enzyme не знает такого фермента.
TC белка - 2.A.6.2.2.
2 - электрохимические транспортеры на потенциальной тяге
2.А - портеры
2.A.6 - суперсемейство резистентности-нодуляции-клеточного деления
2.А.6.2 - белки гидрофобной/амфифильной выкачки

Функция белка заключается в откачке нежелательных веществ, попадающих 
из внешней среды, в том числе таких антибиотиков как тетрациклин. Кроме того он используется для секреции сигнальных веществ.
==============================================================================================================================================

Сайт находится в стадии разработки